To τεράστιο και φαινομενικά αφιλόξενο αστικό περιβάλλον της Αθήνας μοιάζει με τον πλέον ακατάλληλο τόπο για την παρουσία άγριων ειδών της χλωρίδας και της πανίδας. Εντούτοις, τα φαινόμενα απατούν. Τα άλση, τα πάρκα, οι λόφοι, τα λίγα ρέματα, οι αρχαιολογίκοι χώροι, τα νεκροταφεία, ακόμα και οι τόσο αφύσικες πολυκατοικίες είναι γεμάτα ζωή επιβεβαιώνοντας ότι η πρωτεύουσα αποτελεί πόλο έλξης και ιδανικό βιότοπο για πολλά ζώα και φυτά. Σε αυτό συνηγορούν πολλοί παράγοντες, όπως η γεωγραφική θέση, η μεγάλη έκταση, η ύπαρξη πηγών τροφής και νερού, το ήπιο κλίμα, η απουσία κυνηγών και η μάλλον αδιάφορη στάση της πλειονότητας των κατοίκων. Δεν πρέπει επίσης να ξεχνάμε ότι το αστικό περιβάλλον της Αθήνας διαμορφώθηκε εν πολλοίς μέσα σε ένα πολύ μικρό χρονικό διάστημα. Έναν αιώνα πριν, το λεκανοπέδιο διατηρούσε ωραία μικτά δάση, δεκάδες ρέματα, υγροτόπους και ήπιες καλλιέργειες, που προσέλκυαν δεκάδες είδη της πανίδας των οποίων οι απόγονοι συνεχίζουν να επισκέπτονται ή να ζουν μόνιμα εδώ. Υπάρχουν μάλιστα σπουδαίες αναφορές περιηγητών, όπως η ιστορία του 19ου αιώνα με τους γυπαετούς που κατέβαιναν από την Πάρνηθα στα Σφαγεία για να πάρουν κοκκάλες, αλλά και γκραβούρες εποχής που δείχνουν πελαργούς να φωλιάζουν στους τρούλους των εκκλησιών της Πλάκας και ειδυλλιακά ρέματα να τρέχουν με φόντο τον Παρθενώνα. Σήμερα και παρά την χαρακτηριστική απουσία μεγάλων τμημάτων αστικού πρασίνου, το κέντρο των Αθηνών διατηρεί πολλούς μικρούς βιότοπους με σημαντικότερους, τον Λυκαβηττό, την Ακρόπολη, τους λόφους του Φιλοπάππου, του Αρδηττού και του Στρέφη, τον Εθνικό Κήπο, το Πεδίον του Άρεως, το άλσος Παγκρατίου, τα Τουρκοβούνια, τους Στύλους του Ολυμπίου Διός και τον αρχαιολογικό χώρο του Κεραμεικού. Στα γύρω προάστια ξεπηδούν πολλοί ακόμα βιότοποι, όπως το άλσος της Νέας Φιλαδέλφειας, το Αττικό άλσος, το άλσος Συγγρού, το πάρκο «Αντώνης Τρίτσης», το ρέμα Χαλανδρίου, το άλσος στο Γουδί, η ρεματιά της Φιλοθέης, ο Ποδονίφτης, η Γεωπονική Σχολή, το ρέμα της Πικροδάφνης, καθώς και περιοχές της Καισαριανής, του Βύρωνα, της Πετρούπολης, του Αιγαλέου και των Μελισσίων που συνορεύουν με ορεινούς όγκους. Δυστυχώς έχουν χαθεί, ή έστω αλλοιωθεί σχεδόν ανεπανόρθωτα, σπουδαίοι και ιστορικοί βιότοποι, όπως ο φυσικός ρους των τριών ποταμών των Αθηνών, του Κηφισού, του Ιλισσού και του Ηριδανού, αλλά και ο διάσημος, παλαιότερα, μεγάλος υγρότοπος των εκβολών του Ιλισσού στον Φαληρικό όρμο.

Κρόκοι, ίριδες και φριτιλάριες
Η χλωρίδα της πόλης είναι αυτή που έχει πληγεί περισσότερο καθώς η δόμηση και οι «παρκοποίηση» οδήγησαν στον αφανισμό πολλών άγριων φυτών. Στην Ακρόπολη φυτρώνουν η ίριδα Moraea sisyrinchium, η Sternbergia lutea subsp. lutea, η Inula verbascifolia subsp. methanaea, το Muscari parviflorum, η Crassula tillaea, το Cyclamen graecum subsp. graecum, το Sedum sediforme, το Lamium moschatum, το Mesembryanthemum nodiflorum, η Gagea graeca, η Ballota acetabulosa, το Biarum tenuifolium subsp. abbreviatum αλλά και η αμφιλεγόμενη Micromeria acropolitana που θεωρείται στενότοπο ενημικό του ιερού βράχου. Στην ευρύτερη περιοχή που περιλάμβάνει και το λόφο του Φιλοπάππου φυτρώνουν διάφορες ορχιδέες, όπως οι Himantoglossum robertianum, Anacamptis coriophora subsp. fragrans, Orchis italica, Serapias bergonii, Ophrys aesculapii, Ophrys mammosa, Ophrys attica, Ophrys tenthredinifera, Ophrys lutea και Ophrys ferrum-equinum. Στα λίγα σημεία που η κοίτη του Ηριδανού δεν είναι εγκιβωτισμένη φυτρώνουν οι εντυπωσιακές υδροχαρείς ίριδες Iris pseudacorus, ενώ σχεδόν παντού απαντάται η εντυπωσιακή Acanthus mollis που αποτέλεσε το πρότυπο για την δημιουργία του κορινθιακού κιονόκρανου. Ο Λυκαβηττός διακρίνεται για την χλωρίδα του με σημαντικότερα είδη το Aethionema saxatile subsp. graecum, το Allium hymettium, τον κρόκο Crocus cancellatus subsp mazziaricus την Aristolochia microstoma, την Campanula celsii subsp. celsii, την Carlina corymbosa subsp. graeca, το Colchicum atticum και την Silene corinthiaca. Είναι σημαντικό ότι στα Τουρκοβούνια φυτρώνει η εξαιρετικά σπάνια φριτιλάρια Fritillaria obliqua subsp. obliqua.

Κουκουβάγιες στον Κεραμεικό
Ο πλούτος της ορνιθοπανίδας των Αθηνών είναι μεγάλος, καθώς η περιοχή βρίσκεται πάνω σε έναν σημαντικό μεταναστευτικό διάδρομο. Τα βραχοκιρκίνεζα ζουν σχεδόν σε όλη την πόλη καθώς εκτός από τον Λυκαβηττό, την Ακρόπολη, τους Στύλους του Ολυμπίου Διός και τα Τουρκοβούνια φωλιάζουν ακόμα και σε παλιά σπίτια και στα φουγάρα στο Γκάζι ενώ εδώ και χρόνια λίγα ζευγάρια φωλιάζουν στους πυλώνες του Ολυμπιακού Σταδίου. Τα ξεφτέρια είναι μόνιμα σε κάθε μεγάλο πάρκο της πόλης και οι πετρίτες, αν και πιο σπάνιοι, φωλιάζουν στο κτίριο του ΟΤΕ στην Κηφισίας. Κατά την μετανάστευση πάνω από την Αθήνα πετούν γερακίνες, φιδαετοί και σφηκιάρηδες. Ιδιαίτερα σημαντική είναι η έντονη παρουσία στο κέντρο του εμβληματικού πουλιού της πόλης, της κουκουβάγιας, που ζει στην Ακρόπολη, στου Φιλοπάππου, στον Κεραμεικό και στον Λυκαβηττό μαζί με τους γκιώνηδες, ενώ μέχρι πρόσφατα οι χουχουριστές αναπαράγονταν στον Εθνικό Κήπο. Οι σταχτάρες και τα χελιδόνια φτιάχνουν τις φωλιές τους στην Πλάκα ενώ ενδιαφέρον παρουσιάζουν οι συνεχώς αυξανόμενες αποικίες των πράσινων παπαγάλων σε όλα σχεδόν τα μεγάλα άλση. Πολλά, λιγότερο κοινά, πουλιά επισκέπτονται κάθε χρόνο τα ίδια αγαπημένα τους σημεία. Έτσι στα βράχια της Ακρόπολης ζούνε οι γαλαζοκότσυφες και οι καρβουνιάρηδες, στο Πεδίο του Άρεως φωλιάζουν οι ωχροστριτσίδες, στον Εθνικό Κήπο εμφανίζονται οι κοκκινότσιχλες και οι καμποδεντροβάτες και στα Τουρκοβούνια βρίσκουν καταφύγιο τα γιδοβύζια, οι πέρδικες και τα ορτύκια. Ασυνήθιστοι αλλά μόνιμοι επισκέπτες των Αθηνών είναι το κιρκινέζι, ο μαυροπετρίτης, ο κούκος, το τρυγόνι, το αηδόνι, η κιτρινοστριτσίδα, ο νανομυγοχάφτης, ο κρικομυγοχάφτης, ο χρυσοβασιλίσκος, ο συκοφάγος και ο βουνοφυλλοσκόπος. Πιο κοινά πουλιά είναι οι τσαλαπετεινοί, οι κοκκινολαίμηδες, οι τρυποφράχτες, οι θαμνοψάλτες, οι μαυρολαιμήδες, τα κοτσύφια, οι κεληδότσιχλες, οι μαυροσκούφηδες, οι μαυροτσιροβάκοι, οι σταχτομυγοχάφτες, οι γαλαζοπαπαδίτσες, οι καλόγεροι, οι αιγίθαλοι, οι αετομάχοι, τα ψαρόνια, οι κίσσες, οι καρακάξες, οι κουρούνες, οι φλώροι, οι σπίνοι, οι καρδερίνες, τα σκαθράκια και τα σιρλοτσίχλονα.

Οι φρύνοι του Ηριδανού
Η ερπετοπανίδα της Αθήνας περιλαμβάνει πολλά ενδιαφέροντα είδη που βρίσκουν προστασία κυρίως στις πιο βραχώδεις περιοχές. Κρασπεδοχελώνες, μεσογειακές χελώνες, τρανόσαυρες, αβλέφαροι και λιακόνια είναι τα πιο κοινά από αυτά ενώ από τα φίδια συναντά κανείς, σπάνια πλέον, σπιτόφιδα, σαΐτες, λαφιάτες, σαπίτες και δεντρογαλιές. Στα λίγα εναπομείναντα ρέματα των Αθηνών και στον Εθνικό Κήπο ζούνε κοινοί φρύνοι ενώ είναι εντυπωσιακό ότι στο κέντρο της πόλης στα λίγα σημεία που φαίνεται ο Ηριδανός ζούνε οι πανέμορφοι πράσινοι φρύνοι. Σε κάποια σημεία της πόλης έχουν εγκατασταθεί μόνιμα δύο ξενικά είδη σαύρας, η ισπανική σαύρα (Podarcis vaucheri) και η σαύρα της Σικελίας (Podarcis siculus).

Η αλεπού του Ελπίς
Η παρουσία των θηλαστικών είναι πολύ πιο αραιή και δεν πλησιάζει σε εικόνες αυτές των άλλων μεγάλων πόλεων της Ευρώπης, όπως τις αλεπούδες του Λονδίνου ή τους αγριόχοιρους του Βερολίνου. Εν τούτοις στην Αθήνα ζούνε αλεπούδες κυρίως στα ρέματα που συνδέονται με τα γύρω βουνά ενώ πριν από λίγα χρόνια μια αλεπού που ζούσε στα Τουρκοβούνια βρέθηκε να ψάχνει για τροφή μέσα στο νοσοκομείο Ελπίς. Οι παλαιές ιστορίες της πόλης μιλάνε για κυνηγούς που πηγαίναν στους Αμπελόκηπους για λαγούς, αλλά πλέον λαγοί ζούνε μόνο στις παρυφές της Πεντέλης και του Υμηττού. Το θηλαστικό που μπορεί κανείς να συναντήσει πιο συχνά στην Αθήνα είναι ο σκατζόχοιρος. Τα μικρά αυτά θηλαστικά ζούνε ακόμα στου Φιλοπάππου, στο Μαρούσι, στο Άλσος Συγγρού, στα Βριλήσσια, ακόμα και στα λίγα εναπομείναντα άδεια χωράφια του Ελαιώνα, και μπορεί κανείς να τα παρατηρήσει τις ανοιξιάτικες νύχτες που βγαίνουν για να τραφούν. Κάθε απόγευμα από την άνοιξη και μετά εμφανίζονται στον ουρανό της πόλης πολλές νυχτερίδες με κυριότερο είδος τον πιπιστρέλο. Τέλος, πρόσφατα επιβεβαιώθηκε η παρουσία του ασβού στο κέντρο της πόλης από ένα νεκρό ζώο που βρέθηκε δίπλα από τον λόφο του Αρδηττού, ενώ οι κρυπτικές, αεικίνητες νυφίτσες είναι κοινές στα όρια της πόλης.