Ένας πανέμορφος μεγάλος ρύακας της Λέσβου που εκβάλλει στον Κόλπο της Καλλονής και που στο διάβα του δημιουργεί ένα πλήθος από οικοτόπους γεμάτους σπάνια είδη της χλωρίδας και της ορνιθοπανίδας. Ο Βούβαρης γεννιέται από τα ρέματα που κατεβαίνουν από τις βοριοδυτικές πλαγιές του Ολύμπου της Λέσβου, από την περιοχή της Μεγάλης Λίμνης στο κέντρο του μεγάλου πευκώνα του νησιού και από τον λόφο Αποστολέλι στα δυτικά. Η υδρολογική λεκάνη του ρύακα φτάνει τα 24 τ.χλμ. και τα βασικά ρέματα που σχηματίζουν τον βασικό ρου είναι ο Καβουροπόταμος, το Στρογγυλό και το Καμαρέλι. Η κατεύθυνση του ρύακα είναι από τα ανατολικά προς τα δυτικά και το συνολικό του μήκος φτάνει τα 8,5 χλμ. Στο μεγαλύτερο τμήμα του ο Βούβαρης κινείται μέσα σε ένα πυκνό πευκοδάσος σχηματίζοντας όμορφους μαιάνδρους, ενώ στα νότια των εκβολών ξεκινάει το περίφημο δάσος της Αχλαδερής. Ο ρύακας εκβάλλει στα βορειοανατολικά του Κόλπου της Καλλονής, όπου δημιουργείται ένας παράκτιος υγρότοπος υφάλμυρου νερού με έκταση που φτάνει τα 200 στρέμματα. Ο Βούβαρης είναι περισσότερο ένας ρύακας παρά ένας μικρός ποταμός, καθώς δεν διατηρεί τα νερά του όλο τον χρόνο. Κατά την διάρκεια του καλοκαιριού τα νερά περιορίζονται λίγες δεκάδες μέτρα από τις εκβολές και σε κάποιες μικρές λούτσες προς το τέλος του ρου. Ο Βούβαρης είναι ένας ρύακας που έχει συνδεθεί στενά με τη λαϊκή παράδοση της περιοχής. Το ίδιο το όνομα του προέρχεται από τη λατινική λέξη «vivarium» που σημαίνει ιχθυοτροφείο. Από τα ρωμαϊκά χρόνια ο Βούβαρης ήταν ένα ξακουστό ιχθυοτροφείο, ενώ ακόμα και σήμερα κοντά στις εκβολές επιβιώνουν τα ερείπια των καναλιών του προηγούμενου αιώνα που χρησιμοποιούνταν για το ψάρεμα. Τα «βουβαρίσια» ψάρια -κυρίως κεφαλόπουλα- φηµίζονταν ως τα πιο νόστιµα του Κόλπου της Καλλονής, ενώ η ντόπιοι ονόμαζαν την περιοχή Βουβάρι και το ποτάμι αναφερόταν ως «του Βουβάρ’ το ποτάμ’». Ο Βούβαρης εκβάλλει πολύ κοντά στη βυθισμένη αρχαία Πύρρα, ενός τεραστίας σημασίας τόπου για την μελέτη της φυσικής ιστορίας. Σε αυτή την περιοχή, πριν από 2.300 χρόνια, έζησε ο Αριστοτέλης. Εδώ ο μεγάλος φιλόσοφος μελέτησε τους οργανισμούς και τους τρόπους της φύσης και έγραψε το «Περί τα Ζώα Ιστορίαι», την πρώτη επιστημονική μελέτη της ανθρωπότητας πάνω στη φύση και στα άγρια ζώα. Οι εκβολές του ρύακα αποτελούν έναν υπέροχο τόπο για εξερεύνηση και παρατήρηση της άγριας φύσης.

Η βλάστηση στις εκβολές του ρύακα είναι αλοφυτική με κυριότερους εκπρόσωπους τις σαλικόρνιες (Salicornia procumbens), τα βούρλα (Juncus hybridus και Juncus subulatus), τα αγριοκάλαμα (Phragmites australis) και τα ψαθιά (Schoenus nigricans). Η βλάστηση κοντά στις όχθες συμπληρώνεται με πικροδάφνες, φράξους, φυλλίκια και αλμυρίκια. Λίγο μετά τις εκβολές υπάρχει ένα μικρό δάσος από ψηλά δέντρα τραχείας πεύκης, στα όρια του υγροτόπου υψώνονται χαμηλοί λόφοι με μακία βλάστηση και λίγο πιο ανατολικά απλώνεται ένας κάμπος με καλλιέργειες. Στις εκβολές φυτρώνει μία από τις σπανιότερες αλλά και πιο όμορφες ίριδες της Ελλάδας, η Iris orientalis. Την άνοιξη, όταν οι ίριδες ανθίζουν, δημιουργείται ένα πανέμορφο τοπίο, όπου το λευκοκίτρινο χρώμα του άνθους «σπάει» το έντονα πράσινο των καλαμιών. Πολύ κοντά στη περιοχή απαντάται ένα ιδιαίτερα σπάνιο αγριογαρύφαλλο, ο Dianthus anatolicus. Τα σημαντικότερα είδη που φυτρώνουν κοντά στον Βούβαρη είναι το ενδημικό Alyssum lesbiacum, το Ferulago humilis, η Anthemis aciphylla, η Scorzonera sublanata, η Genista anatolica, ο Lens odemensis, η Cicendia filiformis και το Thalictrum lucidum. Άλλα ενδιαφέροντα είδη είναι η Pilularia minuta, η Baldellia ranunculoides, η Crepis micrantha, το Eupatorium cannabinum, ο Myosotis litoralis, το Jasione heldreichii, η Spergularia media, το Helianthemum aegyptiacum, ο Convolvulus pentapetaloides, η Elatine alsinastrum, το Trifolium glanduliferum, η Romulea ramiflora subsp ramiflora και ο Ranunculus peltatus subsp fucoides. Η χλωρίδα συμπληρώνεται με είδη, όπως το Alisma lanceolatum, το Equisetum ramosissimum, η δρακοντιά Dracunculus vulgaris, το Cardopatium corymbosum, η κενταύρια Centaurea cyanus, το Podospermum canum, ο Myosotis congesta, η Matthiola tricuspidata, το Callitriche brutia, η Moenchia erecta, το Carex divisa, το Carex extensa, ο Astragalus pelecinus, το Trifolium echinatum, η παπαρούνα Papaver nigrotinctum, ο Ranunculus sphaerospermus, η Veronica anagalloides και οι ορχιδέες Anacamptis morio, Anacamptis palustris, Anacamptis papilionacea, Limodorum abortivum, Neotinea lactea, Neotinea maculata, Orchis provincialis, Serapias cordigera και Spiranthes spiralis.

Όπως συμβαίνει με όλους τους παράκτιους υγρότοπους του Κόλπου της Καλλονής, έτσι και εδώ η ορνιθοπανίδα είναι ιδιαίτερα πλούσια. Ιδιαίτερα σημαντικό είναι το δάσος κοντά στις εκβολές, καθώς εκεί ζούνε τέσσερα σημαντικά είδη: ο ιδιαίτερα σπάνιος πευκοτσοπανάκος, ο νανόμπουφος, ο καμποδεντροβάτης και η λαγγόνα. Από τα αρπακτικά παρατηρούνται φιδαετοί, καλαμόκιρκοι, αετογερακίνες, γερακίνες, πετρίτες, μαυροπετρίτες, βραχοκιρκίνεζα, κιρκινέζια και μαυροκιρκίνεζα. Στις εκβολές εμφανίζονται μαυροπελαργοί, λευκοί πελαργοί, βαρβάρες, πρασινοκέφαλες πάπιες, μαυροβουτηχτάρια, σκουφοβουτηχτάρια, πολλά είδη ερωδιών (μικροτσικνιάδες, κρυπτοτσικνιάδες, λευκοτσικνιάδες, αργυροτσικνιάδες, σταχτοτσικνιάδες, πορφυροτσικνιάδες και νυχτοκόρακες), καλαμοκανάδες, χαλικοκυλιστές, θαλασσοσφυριχτές, αμμοσφυριχτές, διάφορες σκαλίδρες, λιμόζες, μαχητές, κοκκινοσκέληδες, πρασινοσκέληδες, διάφορα γλαρόνια, πετροτουρλίδες, στικτοπουλάδες, νερόκοτες, αλκυόνες, κ.ά. Στις γύρω περιοχές κοντά στους θάμνους, τα πεύκα, τα βράχια και τις καλλιέργειες ζούνε κουκουβάγιες, γκιώνηδες, γιδοβύζια, τρυγόνια, τσαλαπετεινοί, μελισσοφάγοι, χαλκοκουρούνες, νεροκελάδες, κοκκινοκελάδες, ασπροκωλίνες, σταχτοπετρόκληδες, μαυρολαίμηδες, καστανολαίμηδες, γαλαζοκότσυφες, βραχοτσοπανάκοι, κοκκινοτσιροβάκοι, αιγαιοτσιροβάκοι, μελωδοτσιροβάκοι, κοκκινοκεφαλάδες, σταχτοκεφαλάδες, αετομάχοι, μαυροκέφαλες κίσσες, σιρλοτσίχλονα, αμπελουργοί και τσιφτάδες.

Από τα αμφίβια εδώ ζούνε λεβαντοβάτραχοι, δεντροβάτραχοι και πρασινόφρυνοι. Η ερπετοπανίδα είναι εξαιρετικά πλούσια και περιλαμβάνει ποταμοχελώνες, βαλτοχελώνες, γραικοχελώνες, τυφλίτες, κροκοδειλάκια, σαμιαμίδια, κυρτοδάκτυλους, τρανόσαυρες, τυφλίνους, έφιους, θαμνόφιδα, σαπίτες, νερόφιδα, σαΐτες, αγιόφιδα, σπιτόφιδα και οθωμανικές οχιές. Από τα θηλαστικά στην περιοχή απαντώνται αλεπούδες, πετροκούναβα, νυφίτσες και σκατζόχοιροι. Σημαντική είναι και η ιχθυοπανίδα της περιοχής. Στα νερά του Βούβαρη ζούνε δύο ιδιαίτερα σπάνια ψάρια των εσωτερικών υδάτων: η μπριάνα της Περγάμου (Barbus pergamonensis) και ο σμυρνοπετρόλευκος (Barbus pergamonensis). Άλλα είδη είναι το κουνουπόψαρο, τα χέλια, η ζαμπαρόλα (Aphanius fasciatus) ο ποντογωβιός (Knipowitschia caucasica), η ποταμοσαλιάρα (Salaria fluviatilis) και ο πρασινογωβιός (Zosterisessor ophiocephalus), ενώ μέσα στα κανάλια εισέρχονται μεγάλοι αριθμοί από κεφαλόπουλα. Η περιοχή είναι ιδανική και για την παρατήρηση πολλών οδοντόγναθων, όπως τα είδη Aeshna affinis, Ischnura elegans, Lestes barbarus, Lestes macrostigma, Lestes virens, Crocothemis erythraea, Orthetrum cancellatum, Sympetrum fonscolombii και Sympetrum meridionale.Στον Βούβαρη ζει σε μεγάλους αριθμούς και ο χερσαίος κάβουρας του είδους Potamon ibericum.