Η Αλυκή της Νάξου είναι ο μεγαλύτερος και σημαντικότερος παράκτιος υγρότοπος των Κυκλάδων, τόσο από άποψη βιοποικιλότητας, όσο και από την σπανιότητα των πτηνών που βρίσκουν προσωρινό ή μόνιμο καταφύγιο στα νερά του. Πρόκειται για μία μεγάλη για νησί λιμνοθάλασσα που βρίσκεται μόλις 2,5 χλμ. νοτιότερα της Χώρας της Νάξου. Ιστορικά η λιμνοθάλασσα λειτουργούσε ως αλυκή για πολλούς αιώνες, ενώ παλαιότερα ονομαζόταν και «ταλιάνι» που σήμαινε ιχθυοτροφείο στα τούρκικα και μέχρι πριν τον πόλεμο, όταν το ιχθυοτροφείο στην Αλυκή έκλεισε, υπήρξε ξακουστό στα νησιά για την μεγάλη του παραγωγή σε αλιεύματα. Η Αλυκή αποτελεί ένα σύμπλεγμα διαφορετικών οικοτόπων που απλώνεται σε μια έκταση 950 στρεμμάτων, από τα οποία τα 800 καλύπτουν την λιμνοθάλασσα και τα υπόλοιπα 150 τις περιφερειακές περιοχές που επηρεάζονται από αυτήν. Βρίσκεται στο τέλος του όρμου του Αγίου Γεωργίου και συνορεύει στα δυτικά με τον λόφο Στελλίδα και το ακρωτήριο Μουγκρί. Η θαλάσσια περιοχή στα βόρεια της ονομάζεται Λαγκούνα και χαρακτηρίζεται από την παρουσία της νησίδας Μαντώ που πλέον έχει μετατραπεί σε τόμπολο, αλλά και των βραχονησίδων Κλεφτονήσια. Στα ανατολικά της έχει κατασκευαστεί το αεροδρόμιο της Νάξου και στα νότια της ξεκινάει ο κάμπος Λιβάδι και τα χωράφια με τις καλλιέργειες. Στα νοτιοδυτικά της και σε απόσταση μόλις 650 μέτρων βρίσκονται οι τρεις εποχικοί υγρότοποι του Αγίου Προκοπίου. Η Αλυκή της Νάξου παραμένει ένας υπέροχος υγρότοπος που συνδυάζει την παρουσία αρκετών διαφορετικών βιοτόπων. Χαρακτηρίζεται από μία μεγάλη αβαθή έκταση υφάλμυρων νερών, μικρούς κολπίσκους με υφάλους, ρηχές εκβολές δίπλα σε αμμοθίνες, αλίπεδα με αλμυρίθρες, αμμώδεις παραλίες και λουρονησίδες, έλη με καλαμιές και βούρλα, εποχικά ρυάκια με νερό και βράχια με θαλασσόκεδρα. Παλαιότερα η Αλυκή ήταν ένας ενιαίος υγρότοπος που επικοινωνούσε ελεύθερα με τη θάλασσα, όμως αργότερα κτίστηκε ένα τεχνητό ανάχωμα που έκλεισε τα νερά και πλέον σήμερα μόνο μία τάφρος συνδέει τα γλυκά νερά με την θάλασσα. Το 1985 η Αλυκή κόπηκε σχεδόν στα δύο για να κατασκευαστεί το αεροδρόμιο της Νάξου, παρότι παλαιότερα είχαν γίνει τα πρώτα έργα για ένα αεροδρόμιο, πιο βόρεια και ηπειρωτικά, στο Σαγκρί. Έτσι ο υγρότοπος με τα χρόνια έχασε την παρθένα φυσιογνωμία του. Σήμερα η επικοινωνία με την θάλασσα είναι περιορισμένη με αποτέλεσμα ο κύριος όγκος των νερών να αποτελείται από τα εποχικά όμβρια νερά του όρους Ζα. Έτσι η λιμνοθάλασσα σχεδόν αδειάζει από νερά μεταξύ Αυγούστου και Οκτωβρίου, κάτι που δεν συνέβαινε στο παρελθόν. Παρόλα αυτά, η Αλυκή της Νάξου εξακολουθεί να ξεχωρίζει ως ο σημαντικότερος υγρότοπος των Κυκλάδων, λόγω της μεγάλης βιολογικής ποικιλότητας, αλλά και της γενικότερης περιβαλλοντικής, αισθητικής και επιστημονικής της σημασίας.

Η βλάστηση αποτελείται από μια ποικιλία ειδών. Υδρόφιλα, αλόφιλα και αμμόφιλα φυτά, δασάκια από αρμυρίκια, θίνες, μακία με θάμνους, θαμνοκυπάρισσα και σχίνα εναλλάσσονται αρμονικά. Στα νερά και στις όχθες αναπτύσσονται βούρλα, αγριοκαλαμιές, ψαθιά και λυγαριές, ενώ στους γύρω λόφους ξεχωρίζουν με την παρουσία τους τα μεγάλα θαλασσόκεδρα (Juniperus macrocarpa). Σημαντική είναι η παρουσία από λιβάδια ποσειδωνίας στην θαλάσσια περιοχή βόρεια της λιμνοθάλασσας. Στην γύρω περιοχή έχουν καταγραφεί περίπου 80 είδη φυτών. Από αυτά ξεχωρίζουν το σπάνιο υδρόφιλο Althenia filiformis subsp orientalis που περιλαμβάνεται στο Κόκκινο Βιβλίο και το ενδημικό αμάραντο Limonium hirsuticalyx. Σημαντικά φυτά της περιοχής είναι η Cressa cretica, η Calystegia soldanella, το Asplenium obovatum, η Anthemis rigida subsp rigida, ο Enarthrocarpus arcuatus, η σιληνή Silene sartorii, η Paronychia argentea, η Malcolmia nana, το Arthrocnemum macrostachyum, το Medicago ciliaris, το Muscari cycladicum, ο Juncus littoralis, το αμάραντο Limonium aegaeum, ο Ranunculus peltatus subsp peltatus και η Ruppia cirrhosa. Η βλάστηση συμπληρώνεται με είδη, όπως η Zannichellia palustris, το Halimione portulacoides, το Halocnemum strobilaceum, ο Bolboschoenus maritimus, ο Cyperus capitatus, ο Schoenoplectus litoralis, η Euphorbia paralias, το Triglochin barrelier, το Atriplex halimus, το Anogramma leptophylla, ο Astragalus boeticus, το Mesembryanthemum nodiflorum, το Equisetum ramosissimum, το κρινάκι της άμμου Pancratium maritimum, το Bupleurum semicompositum, το Crithmum maritimum, το Eryngium maritimum, η Pseudorlaya pumila, η Carlina corymbosa subsp graeca, το Cichorium spinosum, ο Echinops spinosissimus subsp spinosissimus, η Achillea maritima, η Anchusa undulata subsp hybrida, ο Myosotis litoralis, το Alyssum umbellatum, η Cakile maritima subsp maritima, η Malcolmia flexuosa subsp naxensis, η Salsola tragus και η κίτρινη παπαρούνα Glaucium flavum.

Η Αλυκή της Νάξου αποτελεί κορυφαίας σημασίας υγρότοπο για τα μεταναστευτικά είδη, καθώς βρίσκεται πάνω σε έναν μεγάλο διάδρομο μετανάστευσης. Κάθε χρόνο προσελκύει μεγάλους αριθμούς πουλιών που εδώ βρίσκουν το κατάλληλο σημείο διαχείμασης, ξεκούρασης, ανεφοδιασμού ή φωλιάσματος. Στην περιοχή έχουν καταγραφεί περισσότερα από 120 είδη πουλιών. Ξεχωρίζει η παρουσία της σπάνιας και όμορφης καστανόπαπιας που τα τελευταία χρόνια επανέκαμψε και αναπαράγεται στην περιοχή. Στις πιο ενδιαφέρουσες ή περιστασιακές παρουσίες περιλαμβάνονται η χαλκόκοτα, το φοινικόπτερο, η βαλτόπαπια, ο στρειδοφάγος, ο ερημοσφυριχτής, η χουλιαρομύτα, η καλημάνα και το κουφαηδόνι. Από τα παρυδάτια στην Αλυκή καταφθάνουν διάφορες σκαλίδρες (λασποσκαλίδρες, λευκοσκαλίδρες, νανοσκαλίδρες, σταχτιές νανοσκαλίδρες), νεροχελίδονα, ποταμοσφυριχτές, αμμοσφυριχτές, θαλασσοσφυριχτές, φαλαρίδες, νερόκοτες, μαχητές, μαυρότρυγγες, ακτίτες, αργυροπούλια, πετροτουρλίδες, καλαμοκανάδες, κοκκινοσκέληδες, πρασινοσκέληδες, βαλτότρυγγες, λασπότρυγγες, τουρλίδες και μπεκατσίνια. Την άνοιξη τα νερά της Αλυκής γεμίζουν από παπιά, όπως γκισάρια, χουλιαρόπαπιες, ψαλίδες, πρασινοκέφαλες, καπακλήδες, κιρκίρια, σαρσέλες, σφυριχτάρια, αλλά και βουβόκυκνους. Κοντά στις καλαμιές ζουν ερωδιοί, όπως σταχτοτσικνιάδες, πορφυροτσικνιάδες, κρυπτοτσικνιάδες, λευκοτσικνιάδες, αργυροτσικνιάδες, μικροτσικνιάδες και νυχτοκόρακες, ενώ παλαιότερα στην περιοχή ζούσαν και ήταυροι. Από τα γλαρόνια εδώ παρατηρούνται χειμωνογλάρονα, ποταμογλάρονα, νανογλάρονα, γελογλάρονα και αργυρογλάρονα. Από τα αρπακτικά στην περιοχή κυνηγούν αετογερακίνες, γερακίνες, καλαμόκιρκοι, βραχοκιρκίνεζα, μαυροπετρίτες, ενώ κατά την μετανάστευση καταφθάνουν χειμωνόκιρκοι και λιβαδόκιρκοι. Άλλα είδη της περιοχής είναι το νανοβουτηχτάρι, το μαυροβουτηχτάρι, ο αρτέμης, ο κορμοράνος, ο θαλασσοκόρακας, ο μαυροκέφαλος γλάρος, ο λεπτόραμφος γλάρος, η κουκουβάγια, το γιδοβύζι, η αλκυόνη, ο τσαλαπετεινός, ο μελισσοφάγος, ο κορυδαλλός, η σταρήθρα, η ωχροκελάδα, το οχθοχελίδονο, το σπιτοχελίδονο, το σταβλοχελίδονο, ο τρυποφράχτης, ο μαυρολαίμης, ο καρβουνιάρης, ο σταχτοπετρόκλης, η ασπροκωλίνα, η κιστικόλη, το ψευταηδόνι, η καλαμοποταμίδα, η ωχροστριτσίδα, ο μαυροτσιροβάκος, ο σταχτομυγοχάφτης, ο αετομάχος, ο κοκκινοκεφαλάς, ο σταχτοκεφαλάς, το σκαρθάκι, το φανέτο, ο φλώρος, η καρδερίνα, ο αμπελουργός, το σιρλοτσίχλονο και ο τσιφτάς.

Από τα αμφίβια στην Αλυκή ζουν βαλκανοβάτραχοι και δεντροβάτραχοι, ενώ η ερπετοπανίδα αποτελείται από ποταμοχελώνες, κυρτοδάκτυλους, κροκοδειλάκια, σιλιβούτια της Νάξου, λαφιάτες, νερόφιδα, έρυκες, αγιόφιδα και οχιές. Συχνή είναι η παρουσία της θαλάσσιας χελώνας καρέτα στους κοντινούς κόλπους, ενώ έχουν καταγραφεί και φωλιάσματα στις γύρω παραλίες. Από τα θηλαστικά συναντά κανείς πετροκούναβα, αγριοκούνελα, σκαντζόχοιρους και κηπομυγαλές. Στην λιμνοθάλασσα εισέρχονται κεφαλόπουλα, λαβράκια, αθερίνες, χέλια, διάφορες σαλιάρες, κ.ά. Από τα ασπόνδυλα οι γύρω περιοχές κατακλύζονται από λιβελούλες και ακρίδες που προσφέρουν τροφή για τα πολλά είδη των πουλιών, ενώ στον λασπώση βυθό ζουν πολλά είδη από μαλάκια.