Ένας μικρός εποχικός υγρότοπος ο οποίος, παρότι είναι σχετικά άγνωστος, αποτελεί σημαντικό σταθμό ξεκούρασης και ανεφοδιασμού για κάποια αξιόλογα είδη της ορνιθοπανίδας κατά τη διάρκεια του μεταναστευτικού τους ταξιδιού. Παρότι το Αγκίστρι είναι ένα μικρό νησί, έχει την τύχη να φιλοξενεί στα νοτιοδυτικά του έναν υγρότοπο με πολλές εκπλήξεις. Οι ντόπιοι την ονομάζουν απλά Λίμνη ή ακόμα Λεκάνη και παλαιότερα ήταν ένας εποχικός υγρότοπος που γέμιζε με τα γλυκά νερά των γύρω πηγών και των βροχών. Το όνομα Αλυκή το πήρε όταν οι κάτοικοι του νησιού έφτιαξαν έναν κανάλι 60 μέτρων που την ένωνε με την θάλασσα και μπορούσαν έτσι να ρυθμίζουν τη ροή του θαλασσινού νερού για να παράγουν αλάτι. Με το πέρασμα των χρόνων το κανάλι παρέμεινε ανοικτό αλλά πλέον ο μικρός υγρότοπος δεν χρησιμοποιείται ως αλυκή. Η Αλυκή βρίσκεται στα νότια του νησιού πάνω στον κεντρικό δρόμο που από τα Λιμενάρια καταλήγει στην Απόνησο. Λίγο πριν φτάσει κανείς στον υγρότοπο, μια παράκαμψη του δρόμου οδηγεί στο γραφικό εκκλησάκι του Αγίου Νικολάου. Το μέγεθος της Αλυκής φτάνει τα 55 στρέμματα και έχει περίμετρο 1.100 μέτρων. Πρόκειται για έναν αβαθή υγρότοπο με υφάλμυρα νερά που συνήθως τα χάνει κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού. Σε περιόδους έντονων βροχοπτώσεων οι επιφανειακές απορροές δημιουργούν μικρές λούτσες περιμετρικά και λίγο έξω από τα όρια της αλυκής. Γύρω της υψώνονται λόφοι με πευκοδάση και πλατώματα με καλλιέργειες. Πρόκειται για ένα πρώτης τάξεως υγρότοπο στη μέση ενός ειδυλλιακού τοπίου που όμως δεν έχει μελετηθεί αρκετά και παραμένει σχετικά στην αφάνεια για τους λάτρεις της ορνιθοπαρατήρησης. Περιμετρικά της αλυκής κινείται ένας χωματόδρομος που γίνεται μονοπάτι, ενώ εύκολα μπορεί να κρυφθεί κανείς πίσω από κάποιο δέντρο ή θάμνο και να παρατηρήσει τα πουλιά που την επισκέπτονται κυρίως τους χειμερινούς μήνες.

Γύρω από τη λίμνη υψώνονται δασωμένοι λόφοι με χαλέπιο και τραχεία πεύκη, ενώ σε κάποια σημεία υπάρχουν ελαιόδεντρα. Πυκνά θαμνοκυπάρισσα και σκίνα φτάνουν κοντά στις ακτές της αλυκής, διάσπαρτα αλμυρίκια κινούνται γύρω της, ενώ στα νοτιοανατολικά και στην απέναντι πλευρά του ασφαλτόδρομου υπάρχει μια μικρή έκταση με βούρλα. Ένα ακόμα ενδιαφέρον στοιχείο της χλωρίδας στην αλυκή είναι ότι στα βόρεια της και δίπλα από τον χωματόδρομο απλώνεται σε μια έκταση 5 στρεμμάτων μια πυκνή αποικία από δεκάδες εντυπωσιακά άτομα του αμάραντου του είδους Limonium narbonense. Στην περιοχή απαντώνται κάποια σπάνια είδη, όπως η καμπανούλα Campanula drabifolia, η Inula verbascifolia subsp methanaea, το Cerastium illyricum subsp brachiatum, η Aristolochia microstoma και το Erodium chium. Άλλα είδη που φυτρώνουν περιμετρικά της λίμνης είναι ο Allosorus acrosticus, η Cosentinia vellea, το αγριόσκορδο Allium subhirsutum, ο Daucus involucratus, η Lagoecia cuminoides, η Torilis leptophylla, ο Atractylis cancellata, η Carlina corymbosa subsp graeca, το Filago pyramidata, ο Hypochaeris achyrophorus, ο Scolymus hispanicus, η Scorzonera crocifolia, το Urospermum picroides, η Cakile maritima, η Malcolmia flexuosa subsp naxensis, η Malcolmia graeca subsp graeca, η Arenaria leptoclados, η Minuartia mediterranea, οι σιληνές Silene nocturna και Silene sedoides, η Fumana thymifolia, ο Convolvulus althaeoides, το Sedum litoreum, η Coronilla scorpioides, ο Scorpiurus muricatus, το Trifolium infamia-ponertii, η Drimia numidica, το Muscari commutatum, η Ballota acetabulosa, ο Phlomis fruticosa, το Teucrium divaricatum και η Nigella damascena.

Η ορνιθοπανίδα εδώ βρίσκει τις κατάλληλες συνθήκες για να ξεκουραστεί, παρότι η γειτνίαση με τον δρόμο, τα αδέσποτα σκυλιά και το παράνομο κυνήγι, όπως δηλώνουν οι ίδιοι οι ντόπιοι, εμποδίζει τα πουλιά να σταθμεύσουν για πολύ καιρό. Από τα αρπακτικά εδώ ζούνε γερακίνες, ξεφτέρια, πετρίτες και βραχοκιρκίνεζα και από τα νυχτόβια αρπακτικά κουκουβάγιες και γκιώνηδες. Στην αλυκή καταφθάνουν διάφορα παρυδάτια είδη, όπως σταχτοτσικνιάδες, λευκοτσικνιάδες, κρυπτοτσικνιάδες, νυχτοκόρακες, κορμοράνοι, βαρβάρες, πρασινοκέφαλες πάπιες, κιρκίρια, καλαμοκανάδες, ποταμοσφυριχτές, αμμοσφυριχτές, λασποσκαλίδρες, νανοσκαλίδρες, ακτίτες, πρασινοσκέληδες, κοκκινοσκέληδες, μαχητές και μπεκατσίνια. Έχει αναφερθεί και η περιστασιακή παρουσία από φοινικόπτερα και χαλκόκοτες. Άλλα είδη της περιοχής είναι το τρυγόνι, η αλκυόνη, ο τσαλαπετεινός, η σταχτάρα, το σπιτοχελίδονο, το σταβλοχελίδονο, το βραχοχελίδονο, η δεντροσταρήθρα, ο κορυδαλλός, η νεροκελάδα, η λιβαδοκελάδα, η κιτρινοσουσουράδα, η λευκοσουσουράδα, ο τρυποφράχτης, ο μαυρολαίμης, ο καστανολαίμης, ο φοινίκουρος, ο σταχτοπετρόκλης, η ασπροκωλίνα, ο γαλαζοκότσυφας, η τσίχλα, ο μαυροσκούφης, ο μαυροτσιροβάκος, ο δεντροφυλλοσκόπος, η γαλαζοπαπαδίτσα, ο αετομάχος, ο κοκκινοκεφαλάς, η καρδερίνα, ο φλώρος, το σκαθράκι, το σιρλοτσίχλονο και ο τσιφτάς.

Από την ερπετοπανίδα στο Αγκίστρι έχουν παρατηρηθεί κρασπεδωτές χελώνες, σαμιαμίδια, κυρτοδάκτυλοι, τρανόσαυρες, αβλέφαροι, λιακόνια, αγιόφιδα, σαπίτες, νερόφιδα και σαΐτες ενώ από τα αμφίβια στις λούτσες γύρω από την αλυκή ζούνε βαλκανοβάτραχοι. Η πανίδα των θηλαστικών περιλαμβάνει αλεπούδες, πετροκούναβα, λαγούς, σκαντζόχοιρους και νυχτερίδες. Μέσα στην αλυκή όταν αυτή πλημμυρίζει εισέρχονται κεφαλόπουλα, αθερίνες, σαλιάρες και καβούρια της θάλασσας.