Ένα σύμπλεγμα από δύο λίμνες στα νότια της Σάμου που τα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά τους, τα ιστορικά μνημεία που απλώνονται γύρω τους και η ορνιθοπανίδα που φιλοξενούν μαγνητίζουν κάθε είδος ταξιδιώτη. Η περιοχή Γλυφάδα βρίσκεται περίπου 1 χλμ. δυτικά του σύγχρονου Πυθαγορείου σε ένα σημείο που ήταν χτισμένη η αρχαία Σάμος. Εδώ ο κεντρικός δρόμος τέμνει κάθετα δύο μικρούς υγρότοπους με εντελώς διαφορετικά χαρακηριστικά μεταξύ τους. Νότια του δρόμου βρίσκεται η τεχνητή λίμνη Γλυφάδας και βόρεια του δρόμου μία μικρή ελώδης έκταση με μόνιμο νερό. Οι δύο λίμνες ονομάζονται και Μεγάλη και Μικρή Γλυφάδα αντίστοιχα. Η τεχνητή λίμνη δημιουργήθηκε από το χτίσιμο ενός πολύπλευρου τοίχου που στην άκρη του βρισκόταν ένας υδρόμυλος ο οποίος περιστρεφόταν από τη ροή του νερού πού έφευγε από την λίμνη προς την θάλασσα. Οι ακτές βρίσκονται μόλις 300 μέτρα νοτιότερα και συνδέονται με τη λίμνη με ένα τεχνητό κανάλι στο οποίο καταλήγει ένα φυσικό ρέμα αποστράγγισης που φεύγει από τα ερείπια του υδρόμυλου. Το μέγεθος της τεχνητής λίμνης φτάνει τα 20 στρέμματα, ενώ μαζί με τις γύρω εκτάσεις το όλο υγροτοπικό σύστημα φτάνει τα 70 στρέμματα. Στην απέναντι πλευρά του δρόμου βρίσκεται ένα φυσικό έλος που απλώνεται σε μια έκταση 9 στρεμμάτων. Σε αυτό καταλήγει το τείχος της αρχαίας πόλης που ήταν χτισμένη στον παρακείμενο λόφο. Εδώ βρίσκεται και το περίφημο Ευπαλίνειο Υδραγωγείο, μήκους 1.040 μέτρων, ένα μηχανικό επίτευγμα της αρχαιότητας που υδροδοτούσε την αρχαία Σάμο. Η περιοχή συγκεντρώνει μνημεία τεράστιας αρχαιολογικής αξίας, όπως το αρχαίο θέατρο, το σπήλαιο των νυμφών, το ιερό της Αρτέμιδας, το ρωμαϊκό υδραγωγείο, το ιερό της Κυβέλης, αλλά και η μονή της Παναγίας Σπηλιανής. Παλαιότερα στην περιοχή βρισκόταν ένα τεράστιο έλος το οποίο ένωνε την αρχαία πόλη της Σάμου με τους υγροτόπους του Ηραίου, οι οποίοι αποκόπηκαν με την κατασκευή του αεροδρομίου. Παρότι σήμερα οι υγρότοποι βρίσκονται σε ένα σημείο με έντονη όχληση από την κυκλοφορία αυτοκινήτων και αεροπλάνων, εντούτοις συγκεντρώνουν πολλά είδη της ορνιθοπανίδας που τους χρησιμοποιούν σαν στάση για το μεταναστευτικό τους ταξίδι.

Η βλάστηση στην περιοχή έχει περιοριστεί λόγω των κτισμάτων που την περιβάλλουν. Παρόλα αυτά εδώ βρίσκονται διάσπαρτα δασάκια και μεμονωμένα άτομα ενός είδους βελανιδιάς που είναι ενδημικό των νησιών του νοτιοανατολικού Αιγαίου και της νοτιοδυτικής Ανατολίας. Πρόκειται για την Δρυ την αουχέριο (Quercus aucheri) που φυτρώνει στις πλαγιές που βρίσκονται τα ερείπια της αρχαίας πόλης. Η υπόλοιπη βλάστηση αποτελείται από θάμνους και αραιά φρύγανα με σκίνα και κυπαρρίσια, ενώ οι υγρότοποι περιβάλλονται από βούρλα. Tην άνοιξη το έλος καλύπτεται από τα λευκά άνθη της υδροχαρούς νεραγκούλας του είδους Ranunculus sphaerospermus. Τα είδη της χλωρίδας που μπορεί κανείς να συναντήσει εδώ είναι, μεταξύ άλλων, ο Scolymus maculatus, το Allium ampeloprasum, η Malva punctata, ο Tragopogon porrifolius eriospermus, ο Convolvulus oleifolius, η Cymbalaria longipes, το Linum bienne, η Silene colorata, ο Daucus guttatus, το Eryngium creticum, η Carlina lanata, το Cichorium spinosum, ο Echinops viscosus, η Notobasis syriaca, το Phagnalon graecum, η Anchusa undulata, το Echium angustifolium, η Malcolmia chia, η Legousia speculum-veneris, κ.ά.

 

Η ορνιθοπανίδα αποτελείται κυρίως από είδη που σταθμεύουν για λίγο καιρό πριν συνεχίσουν το μεταναστευτικό τους ταξίδι, καθώς η έντονη ανθρώπινη δραστηριότητα και τα αεροπλάνα δεν δημιουργούν τις κατάλληλες συνθήκες για την αναπαραγωγή των πουλιών. Στην περιοχή έχουν σταθμεύσει κατά καιρούς αργυροπελεκάνοι και μαυροπελαργοί. Εδώ μπορεί κανείς να συναντήσει νανοβουτηχτάρια, κορμοράνους, νυχτοκόρακες, κρυπτοτσικνιάδες, λευκοτσικνιάδες, αργυροτσικνιάδες, σταχτοτσικνιάδες, σπάνιες χαλκόκοτες, φοινικόπτερα, καστανόπαπιες, πρασινοκέφαλες πάπιες, ψαλίδες, γερακίνες, καλαμόκιρκους, ξεφτέρια, βραχοκιρκίνεζα, γκιώνηδες, νεροκοτσέλες, μικροπουλάδες, νερόκοτες, φαλαρίδες, αβοκέτες, καλαμοκανάδες, πετροτουρλίδες, ποταμοσφυριχτές, λασποσκαλίδρες, ακτίτες, κοκκινοσκέληδες, πρασινοσκέληδες, μπεκατσίνια, μαυροκέφαλους γλάρους, χειμωνογλάρονα, ποταμογλάρονα, σταχτάρες, αλκυόνες, σταρήθρες, νεροκελάδες, σταχτοπετρόκληδες, μαυρολαίμηδες, μαυροσκούφηδες, κιστικόλες, ψαθοποταμίδες, σταχτοκεφαλάδες, κ.ά.

 

Από τα αμφίβια συναντάει κανείς πρασινόφρυνους, λεβαντοβάτραχους και δεντροβάτραχους, ενώ η ερπετοπανίδα αποτελείται από ποταμοχελώνες, κροκοδειλάκια, τρανόσαυρες, οφίσοπες, χρυσόσαυρες, έρυκες, σαΐτες, θαμνόφιδα, νερόφιδα, λιμνόφιδα και αγιόφιδα. Στους λόφους πάνω από τους υγροτόπους εμφανίζονται περιστασιακά τσακάλια, ενώ η πανίδα των θηλαστικών συμπληρώνεται από πετροκούναβα, νυφίτσες, σκαντζόχοιρους και λαγούς. Από την ιχθυοπανίδα, εδώ ζούνε ζαχαριάδες (Aphanius fasciatus), ποντογωβιοί (Knipowitschia caucasica), χέλια (Anguila anguila), κουνουπόψαρα (Gambusia holbrooki) και κεφαλόπουλα.