Ο Φιλιούρης, όπως είναι η λαϊκή ονομασία του αρχαίου Λίσσου, είναι ένας μεγάλος ποταμός της Θράκης που παρά την συνεχή υποβάθμιση εξακολουθεί να συγκεντρώνει ένα πλήθος από διαφορετικούς οικοτόπους. Οι πηγές του Φιλιούρη βρίσκονται στα βουνά της Ανατολικής Ροδόπης και συγκεκριμένα στους λόφους του Ντεμίρ Τσαλ, κοντά στα σύνορα των νομών Ροδόπης και Έβρου, ενώ ένα δεύτερο κύριο υδάτινο σώμα που συμβάλλει στον Φηλιούρη πηγάζει στα ανατολικά, κοντά στην Λεπτοκαρυά Έβρου. Από τα βουνά της Ροδόπης ο ποταμός διαγράφει μια πορεία από τα βορειοανατολικά προς τα νοτιοδυτικά πριν εκβάλλει στον όρμο Ανοικτό του Θρακικού πελάγους. Το συνολικό μήκος του ποταμού φτάνει περίπου τα 70 χλμ., με τον κύριο ποταμό να τρέχει στα 45 χλμ., ενώ η λεκάνη απορροής απλώνεται σε 1.490 τ.χλμ. Ιδιαίτερο χαρακτηριστικό του ποταμού είναι ότι στον κύριο ρου συμβάλλουν δεκάδες μικροί ποταμοί και ρέματα σε όλη την πορεία του. Σημαντικότερα είναι το ρέμα της Ραγάδας, της Δροσιάς, της Νέδας, της Οργάνης και της Συκορράχης. Ο ποταμός στα ψηλά, μεταξύ των χωριών της Εσοχής και της Δαρμένης περνάει με διαδοχικούς μαιανδρισμούς μέσα από μια όμορφη, ημιορεινή κοιλάδα που παίρνει το όνομα του. Στη συνέχεια εισέρχεται στον μεγάλο κάμπο της Θράκης περνώντας δίπλα από το δάσος του Μύστακα, όπου λίγο μετά η κοίτη του έχει διευθετηθεί με αναχώματα. Στη συνέχεια ο Φιλιούρης περνάει δίπλα από τη λίμνη Ισμαρίδα πριν εκβάλλει στη θάλασσα, όπου και δημιουργεί ένα εκτεταμμένο υγροτοπικό σύστημα που φτάνει τα 13 τ.χλμ. Τα νερά του ποταμού και των παραποτάμων του χρησιμοποιούνται για την άρδευση των τεράστιων καλλιεργειών, ενώ το γεγονός ότι ο ρους του ποταμού βρίσκεται σχεδόν πάνω στη βιομηχανική ζώνη της Κομοτηνής έχει αλλοιώσει κατά πολύ την φυσική αξία των νερών του. Η αλήθεια είναι ότι ο Φιλιούρης, ο οποίος αποτελεί σημαντικό ενδιαίτημα για πολλά και ιδιαίτερα σπάνια είδη της ορνιθοπανίδας είναι ένας επιβαρυμένος ποταμός. Οι παλαιότεροι φυσικοί βιότοποι, όπως τα δάση και οι βάλτοι, έχουν σχεδόν εξαφανιστεί προς όφελος των καλλιεργειών αλλάζοντας τελείως την φυσιογνωμία του ποταμού. Στα νερά του εκτός από τα απόβλητα των βιομηχανιών καταλήγουν και τα φυτοφάρμακα των καλλιεργειών, ενώ μια μικρή βόλτα γύρω του αρκεί για να ανακαλύψει κανείς δεκάδες μικρές χωματερές. Εντούτοις ο κατάλογος της άγριας ζωής στην περιοχή περιλαμβάνει πολλά θαυμαστά και ακριβοθώρητα είδη.

Η κυρίαρχη βλάστηση ακόμα και στα ψηλότερα τμήματα του Φιλιούρη είναι η μακκία με βασικούς πρωταγωνιστές τα πεύκα, τα πουρνάρια, τις αριές και τους κράταιγους. Στα λίγα σημεία που ο ποταμός δημιουργεί κάποια μπαλώματα παραποτάμιου δάσους φυτρώνουν σκλήθρα, διάφορες ιτιές, πλατάνια, λεύκες και αλμυρίκια. Από την άποψη της χλωρίδας στη  περιοχή συναντάει κανείς λίγα ενδιαφέροντα είδη με σημαντικότερα την Achillea chrysocoma, την ίριδα Iris pseudacorus, την Onobrychis viciifolia, το Arum cylindraceum, την Aristolochia rotunda, το Buglossoides purpurocaerulea, την κενταύρια Centaurea cyanus, το Polygonum arenarium, το Erodium ciconium, την Asphodeline lutea, τον Convolvulus althaeoides, το Ornithogalum exscapum, το Cirsium arvense, το αγριόσκορδο Allium ampeloprasum, το Hypericum cerastioides, την Scrophularia peregrina, την ίριδα Iris reichenbachii, την Knautia orientalis και τις ορχιδέες Epipactis helleborine, Orchis simia και Ophrys mammosa.

Ο Φιλιούρης είναι μία από τις σημαντικότερες περιοχές στην Ελλάδα για τα πουλιά και ιδιαίτερα για τους εντυπωσιακούς γύπες. Η κοιλάδα του ποταμού αποτελεί ενδιαίτημα του πολύ σπάνιου ασπροπάρη, ενώ την περιοχή επισκέπτονται τακτικά μαυρόγυπες και όρνια. Σημαντικά αρπακτικά που κυνηγάνε γύρω από τον Φιλιούρη είναι ο χρυσαετός, ο σπάνιος βασιλαετός, ο κραυγαετός, ο φιδαετός, ο τσίφτης, η αετογερακίνα, η γερακίνα, ο χειμωνόκιρκος, οα καλαμόκιρκος, ο σφηκιάρης, ο πετρίτης, το ξεφτέρι, το βραχοκιρκίνεζο, το κιρκινέζι, το μαυροκιρκίνεζο, η κουκουβάγια, ο μπούφος, ο χουχουριστής, κ.ά. Στο ποτάμι και κοντά στις εκβολές ζούνε σταχτοτσικνιάδες, κρυπτοτσικνιάδες, αργυροτσικνιάδες, λευκοτσικνιάδες, πορφυροτσικνιάδες, μικροτσικνιάδες, νυχτοκόρακες, λευκοί πελαργοί, μαύροι πελαργοί, νεροκότσυφες, αλκυόνες, αηδόνια, τσιχλοποταμίδες, νεροκοτσέλες, κ.ά. Η ορνιθοπανίδα συμπληρώνεται με είδη, όπως μελισσοφάγοι, χαλκοκουρούνες, κούκοι, κίσσες, ψαρόνια, λιβαδοκελάδες, τρυποφράχτες, καστανολαίμηδες, γαλαζοπαπαδίτσες, αετομάχοι, κάργιες, χαβαρόνια, σκαρθάκια, σιρλοτσίχλονα, καλαμοτσίχλονα, αμπελουργοί και τσιφτάδες. Τον χειμώνα στη περιοχή καταφθάνουν τεράστια κοπάδια από ψαρόνια.

Από τα αμφίβια, εδώ ζούνε σαλαμάνδρες, κοινοί τρίτωνες, ανατολικοί χτενοτρίτωνες, κιτρινομπομπίνες, φρύνοι, πρασινόφρυνοι, γραικοβάτραχοι, δεντροβάτραχοι, λιμνοβάτραχοι και ο σπάνιος πηλοβάτης. Η ερπετοπανίδα περιλαμβάνει βαλτοχελώνες, ποταμοχελώνες, γραικοχελώνες, μεσογειακές χελώνες, κονάκια, τυφλίτες, σαμιαμίδια, πρασινόσαυρες, τρανόσαυρες, τοιχογουστέρες, οφίσωπες, έρυκες, λιμνόφιδα, νερόφιδα, στεφανοφόρους, έφιους, θρακικούς λαφιάτες, σαπίτες, σαΐτες, αγιόφιδα, σπιτόφιδα και οθωμανικές οχιές. Από τα θηλαστικά στα δάση που απλώνονται γύρω από τις πηγές του ποταμού ζούνε ζαρκάδια και λύκοι, ενώ στο ποτάμι ακόμα και στα χαμηλότερα σημεία του απαντώνται αρκετές βίδρες, σπάνια τσακάλια και αγριόγατες. Η πανίδα συμπληρώνεται με αλεπούδες, αγριογούρουνα, ασβούς, νυφίτσες, κουνάβια και τον σπάνιο νανοποντικό. Κοντά στις εκβολές ζει και ένα ιδιαίτερα σημαντικό είδος κουναβιού, η πανέμορφη στικτοϊκτίδα.

Η ιχθυοπανίδα του Φιλιούρη, παρά τη συνεχή ρύπανση περιλαμβάνει πολλά και σπάνια είδη. Ξεχωρίζουν η αλάια (Alburnus vistonicus), η θρακική μπριάνα (Barbus cyclolepis), η θρακοβελονίτσα (Cobitis strumicae), ο βουλγαροκωβιός (Gobio bulgaricus), το μικροσίρκο (Leucaspius delineatus), το τσαϊλάκι (Petroleuciscus borysthenicus), η χρυσοβελονίτσα (Sabanejewia balcanica) και ο θρακικός ποταμοκέφαλος (Squalius orpheus). Άλλα είδη είναι η σαρδελομάνα (Alosa fallax), το χέλι (Anguilla anguilla), ο ζαχαριάς (Aphanius fasciatus), ο σύρτης (Chondrostoma vardarense), το γριβάδι (Cyprinus carpio), το αγκαθερό (Gasterosteus gymnourus), ο ποντογωβιός (Knipowitschia caucasica), η μουρμουρίτσα (Rhodeus amarus), το τσιρώνι (Rutilus rutilus), η κοκκινοφτέρα (Scardinius erythrophthalmus). Ο ποταμός, ο οποίος συγκεντρώνει πολλούς ψαράδες, έχει εμπλουτιστεί και με δύο επιγενή είδη, την λεστιά (Abramis brama) και την πεταλούδα (Carassius gibelio).