Το κυκλαδονήσι με τις δαντελωτές ακτογραμμές και το ήρεμο τοπίο χαρακτηρίζεται από έναν μεγάλο αριθμό από σπάνια είδη της χλωρίδας συγκριτικά με το μικρό του μέγεθος. Η Σχοινούσα αποτελεί μέρος του συμπλέγματος των Μικρών Κυκλάδων και η έκταση της φτάνει μόλις τα 8,15 τ. χλμ. Στα δυτικά της και σε απόσταση 1,5 ν.μ. βρίσκεται η Ηρακλειά, στα βόρεια της η Νάξος (3,7 ν.μ.) και στα ανατολικά της το Κάτω Κουφονήσι (1,6 ν.μ.) και η Κέρος (3,4 ν.μ.). Ιδιαίτερο γνώρισμα του νησιού είναι η έντονα διαμελισμένη ακτογραμμή που δημιουργεί ένα πλήθος από ακρωτήρια και ορμίσκους που φιλοξενούν 22 μικρές παραλίες με άμμο και βοτσαλάκι. Το μήκος των ακτογραμμών της Σχοινούσας φτάνει τα 25,5 χλμ. Το έδαφος του νησιού είναι ομαλό και δεν παρουσιάζει έντονες κλίσεις, ενώ είναι χαρακτηριστικό ότι το ψηλότερο σημείο στον λόφο Βάρδιες φτάνει τα 134 μέτρα. Στα νότια και μέσω ενός μικρού δίαυλου μήκους μόλις 30 μέτρων, η Σχοινούσα χωρίζεται από το νησάκια Οφιδούσα και Αγριλού, ενώ στα ανατολικά βρίσκεται το Ασπρονήσι και οι βραχονησίδες Γαϊδούρα. Τα πετρώματα του νησιού είναι υποκείμενοι σχιστόλιθοι και υπερκείμενοι ασβεστόλιθοι με μικρές αλλουβιακές αποθέσεις. Ένα από τα φυσικά αξιοθέατα του νησιού είναι η σπηλιά του Μανιάτη, δίπλα από τον δρόμο που συνδέει το λιμάνι Μερσίνι με την Χώρα, ενώ ενδιαφέρον παρουσιάζουν οι μικρές αμμοθίνες στην παραλία της Ψιλής Άμμου. Η Σχοινούσα, ιδιαίτερα κατά τη διάρκεια της άνοιξης, είναι ένας ιδανικός προορισμός για τους περιπατητές, καθώς το ήρεμο ανάγλυφο και το μικρό μέγεθος του νησιού είναι κατάλληλα για εύκολες βόλτες. Τα τελευταία χρόνια και εξαιτίας της τουριστικής ανάπτυξης, η φυσιογνωμία του νησιού δυστυχώς έχει αλλοιωθεί όπως συμβαίνει με πολλές περιοχές της χώρας μας. Εν τούτοις, αν κάποιος την επισκεφθεί εκτός τουριστικής σεζόν θα ανακαλύψει έναν πανέμοφρο και ήρεμο τόπο, γεμάτο από πολλά είδη της άγριας χλωρίδας και πανίδας των Κυκλάδων. Οι γλυκές παραλίες με τα ήρεμα νερά, οι ομαλές κλίσεις και τα μικρά σε απόσταση μονοπάτια κάνουν την Σχοινούσα έναν ιδανικό προορισμό για εξερεύνηση παρέα με μικρά παιδιά.

Μια θεωρία λέει ότι η Σχοινούσα χρωστά το όνομά της στον θάμνο του σκίνου κάτι που είναι πολύ πιθανό καθώς η βλάστηση του νησιού απότελείται από την μεσογειακή μακία και τα φρύγανα, με τα σκίνα να πρωταγωνιστούν. Άλλα κοινά είδη είναι τα θαλασσόκερδα, τα αρμυρίκια, οι λαδανιές, τα ρείκια, οι ασπάλαθοι και τα θρούμπια. Η Σχοινούσα έχει μεγάλη αγροτική παράδοση και στις μέρες μας σχεδόν το μισό μέγεθος του νησιού χρησιμοποιείται για καλλιέργειες, κυρίως κριθαριού, σιταριού, βρώμης, άμπελου και κηπευτικών. Έτσι προκαλεί εντύπωση ο μεγάλος αριθμός από πολλά και σπάνια φυτά που απαντώνται εδώ. Στην κορυφή βρίσκεται το τοπικό ενδημικό αμάραντο Limonium schinousae και ακολουθούν τα αμάραντα Limonium microcycladicum και Limonium doerfleri, το αγριογαρύφαλλο Dianthus cinnamomeus subsp cinnamomeus, το Muscari cycladicum subsp cycladicum, η Staehelina fruticosa, ο κρόκος Crocus tournefortii, το αγριόσκορδο Allium luteolum, η Arenaria aegaea, το Tordylium aegaeum, το Tordylium hirtocarpum και ο Aeluropus lagopoides. Άλλα σημαντικά φυτά του νησιού είναι το Hymenonema graecum, η Nigella doerfleri, η Anthemis scopulorum, η Hyoseris lucida, η Jurinea consanguine, ο Asparagus horridus, η σιληνή Silene sartorii, το κολχικό Colchicum cupanii, το Lycium schweinfurthii, η Crassula alata, ο Astragalus epiglottis, η Cutandia maritima, το Plantago cretica και ο Aegilops peregrina subsp peregrina. Η χλωρίδα συμπληρώνεται με είδη, όπως η Velezia quadridentata, το Bellium minutum, ο Atriplex halimus, η Ononis variegata, η Malva aegyptia, το Linum nodiflorum, η Frankenia pulverulenta, ο Convolvulus siculus subsp siculus, το Erodium laciniatum, η Pseudorlaya pumila, το Crithmum maritimum, η ίριδα Moraea sisyrinchium, ο κρίνος Pancratium maritimum, ο Adonis microcarpa, η Brassica tournefortii, το Helichrysum italicum, το Eryngium maritimum, η καμπανούλα Campanula erinus, το Teucrium brevifolium, το Ornithogalum pannonicum, οι σιληνές Silene behen και Silene sedoides, ο Melilotus sulcatus, το Mandragora officinarum, το Origanum onites, το Mesembryanthemum nodiflorum, ο Asteriscus aquaticus, το Medicago marina, το Tetragonolobus purpureus και ορχιδέες, όπως οι Anacamptis collina, Anacamptis papilionacea, Anacamptis pyramidalis, Anacamptis sancta, Orchis anatolica, Ophrys ferrum-equinum, Ophrys blitopertha και Ophrys gortynia.

Η Σχοινούσα αποτελεί σημαντικό σημείο ανεφοδιασμού για δεκάδες είδη μεταναστευτικών πουλιών που προσελκύονται περισσότερο για την τροφή, καθώς εδώ υπάρχουν πολλά σιτηρά. Από τα αρπακτικά εδώ παρατηρούνται σπιζαετοί, γερακίνες, βραχοκιρκίνεζα και σπάνιοι μαυροπετρίτες. Στην θάλασσα γύρω από το νησί πετούν θαλασσοκόρακες, αρτέμηδες, μύχοι και ασημόγλαροι. Στο νησί υπάρχουν και λίγες κουκουβάγιες. Άλλα είδη που συναντά κανείς είναι το ορτύκι, ο ποταμοσφυριχτής, το γιδοβύζι, η σταχτάρα, η βουνοσταχτάρα, ο τσαλαπετεινός, η αλκυόνη, ο κορυδαλλός, η δεντροσταρήθρα, το σταβλοχελίδονο, το σπιτοχελίδονο, η λιβαδοκελάδα, ο καρβουνιάρης, ο σταχτοπετρόκλης, η ασπροκωλίνα, ο μαυρολαίμης, ο μαυροτσιροβάκος, ο σπάνιος αιγαιοτσιροβάκος, ο κοκκινοτσιροβάκος, ο θαμνοφυλλοσκόπος, ο αετομάχος, ο κοκκινοκεφαλάς, το φανέτο, η καρδερίνα, το φρυγανοτσίχλονο, ο αμπελουργός και ο τσιφτάς.

Στο νησί απουσιάζουν τα αμφίβια, καθώς δεν υπάρχουν πηγές ή ρέματα. Η ερπετοπανίδα είναι φτωχή και αποτελείται από σαμιαμίδια, σιλιβούτια της Νάξου και έρυκες, ενώ συχνά στους όρμους του νησιού συναντά κανείς θαλάσσιες χελώνες καρέτα. Περιστασιακά στο νησί εμφανίζονται ρινοδέλφινα και Μεσογειακές φώκιες. Τα νερά γύρω από το νησί είναι από τα πιο καθαρά της Ελλάδας και ο βυθός διατηρεί ακόμα μεγάλα λιβάδια ποσειδωνίας μέσα και γύρω από τα οποία ζουν δεκάδες θαλάσσια είδη. Η Σχοινούσα είναι ένας ιδανικός προορισμός για παρατήρηση με μάσκα ή ακόμα και καταδύσεις.