Οι μικροί, «σμαραγδένιοι» Παξοί χαρακτηρίζονται από μια σκληροτράχηλη γεωμορφολογία που μέσα της φιλοξενεί πυκνά βελανοδάση και μεγάλους ελαιώνες που καταλήγουν σε απότομους γκρεμούς που χάνονται στη θάλασσα. Η μυθολογία λέει ότι οι Παξοί δημιουργήθηκαν όταν ο Ποσειδώνας, στην προσπάθεια του να στεγάσει τον ερωτά του με την Αμφιτρίτη, χτύπησε με την τρίαινα την Κέρκυρα σχηματίζοντας έτσι τα νησιά. Ο ποντοκράτορας όμως έχασε την τρίαινα του, η οποία πλέον αποτελεί το διαχρονικό έμβλημα του νησιού. Πολλές και ενδιαφέρουσες είναι οι ετυμολογικές αναφορές για την ονομασία του νησιού: από τη φοινικική λέξη «πακς» που σημαίνει ορθογώνιο σχήμα. από τη σικελική πόλη Παξούντα. από τη σύνθεση των λέξεων «παξ» (πλάκα) και «αι» (νησί) από τις ασβεστολιθικές πλάκες που έβγαιναν από το νησί. από τη φράση «πακσώσας θύρας» (κεκλεισμένες πόρτες) που αναφέρεται στο κλειστό λιμάνι του νησιού. και από το ρωμαϊκό «Pax» που σημαίνει ειρήνη.Οι Παξοί είναι μια συστάδα μικρών νησιών και βραχονησίδων, από τα οποία ξεχωρίζουν σε μέγεθος δύο νησιά, οι Παξοί και οι Αντίπαξοι. Τα δυο νησιά καλύπτουν έκταση 21 τ.χλμ. το πρώτο και 3,8 τ.χλμ. το δεύτερο. Απέχουν μεταξύ τους ένα ναυτικό μίλι, ενώ οι Παξοί που βρίσκονται βορειότερα απέχουν 7,3 ναυτικά μίλια από την Κέρκυρα και 8,5 ναυτικά μίλια από τις ακτές της Ηπείρου. Η κατεύθυνση των Παξών είναι από τα βορειοδυτικά προς τα νοτιοανατολικά παράλληλα με τις ηπειρωτικές ακτές και το σχήμα τους επιμηκές. Το μήκος των ακτών των Παξών φτάνει τα 37 χλμ. με τις ανατολικές ακτές να κατεβαίνουν ήρεμα σε παραλίες και τις δυτικές ακτές να είναι απότομες, γεμάτες κάθετους γκρεμούς. Γύρω τους απλώνονται πολλά ακόμα νησάκια και βραχονησίδες, όπως η Παναγιά, ο Άγιος Νικόλαος, το Καλτσονήσι, το Μάρμαρο, το Κάτεργο, ο Ορθόλιθος, η Πλάκα, ο Τρυπητός και η Μπουρδουμπού. Οι Παξοί χαρακτηρίζονται για τις ήρεμες, δασωμένες τους πλαγιές και μόνο ένα ύψωμα, τα Αρβανιταίικα (231 μ.) ξεχωρίζει στο κέντρο του νησιού. Αυτό που τους κάνει μοναδικούς είναι η δυτική τους ακτογραμμή που κάτω από τους ψηλούς της γκρεμούς φιλοξενεί μεγάλες και πολλές σπηλιές, αψίδες και θόλους που διακόπτονται από μικρές απομονωμένες παραλίες. Στους Αντίπαξους δε, βρίσκονται οι παραλίες Βουτούμι, Βρίκα, Μεσοβρίκα και Ροδοβάνι, οι οποίες θεωρούνται από τις ομορφότερες της Ελλάδας προσελκύοντας, κάθε χρόνο, χιλιάδες επισκέπτες. Το νησί δεν έχει εξερευνηθεί επαρκώς όσον αφορά την πανίδα του και έτσι αποτελεί πρώτης τάξεως προορισμό για μοναδικές ανακαλύψεις.

Στους Παξούς πρωταγωνιστούν οι απέραντοι ελαιώνες με τα πανύψηλα, αιωνόβια δέντρα. Δάση από χαλέπιο πεύκη και διάσπαρτα κυπαρίσσια εμφανίζονται παντού στο νησί, ενώ η υπόλοιπη βλάστηση, που στις περισσότερες περιοχές είναι κυριολεκτικά αδιάβατη, αποτελείται από πουρνάρια, αριές, θαμνοκυπάρισσα, θαλασσόκεδρα, πλατάνια, αγριογκορτσιές, παλιούρια, μυρτιές, αγριελιές, χαρουπιές, σκίνα, λαδανιές, θυμάρια, ρείκια, φασκόμηλα, γαλατσίδες, φλώμους, κ.ά. Η χλωρίδα της περιοχής αποτελείται από περίπου 400 είδη, από τα οποία ξεχωρίζουν δύο στενότοπα ενδημικά των νησιών: η κενταύρια Centaurea paxorum και το αμάραντο Limonium antipaxorum. Άλλα σημαντικά είδη των Παξών είναι το ενδημικό των Ιονίων νήσων Galium ionicum, το αγριογαρύφαλλο Dianthus sylvestris subsp longicaulis, η Arenaria peloponnesiaca, η σιληνή Silene bellidifolia, ο Stachys mollissima, η Brassica cretica subsp aegaea, η Petrorhagia saxifraga, ο Phedimus stellatus, το Hypericum spruneri, η Fumaria flabellata, η Kickxia commutata subsp commutata, ο Convolvulus lineatus, η Bellevalia dubia subsp boissieri και η Euphorbia pterococca. Η χλωρίδα συμπληρώνεται με είδη, όπως τα αγριόσκορδα Allium chamaespathum, Allium commutatum και Allium subhirsutum subsp subhirsutum, το Bupleurum glumaceum, το Crithmum maritimum, το Eryngium maritimum, το Smyrnium perfoliatum subsp rotundifolium, το Arum italicum subsp italicum, η Drimia numidica, το Muscari comosum, ο Ruscus aculeatus, το Borago officinalis, το Cynoglossum creticum, η Malabaila aurea, το Ornithogalum prasinantherum, η Matthiola incana subsp incana, η σιληνή Silene sedoides subsp sedoides, η φτέρη Pteridium aquilinum subsp aquilinum, η γλαδιόλα Gladiolus illyricus, ο Stachys spinulosa, η Aristolochia rotunda subsp insularis, το Lythrum junceum, το Glaucium flavum, η Micromeria graeca subsp graeca, το Polygala monspeliaca, το κυκλάμινο Cyclamen hederifolium, η Nigella damascena, η Scrophularia peregrina, η Plocama calabrica, η Lunaria annua subsp pachyrhiza, η βιόλα Viola alba subsp dehnhardtii και οι ορχιδέες Anacamptis pyramidalis, Serapias lingua, Serapias politisii, Ophrys ferrum-equinum, Ophrys sicula και Ophrys ulyssea.

Η σημασία των Παξών για την ορνιθοπανίδα είναι μεγάλη καθώς το νησί βρίσκεται πάνω στο μεγάλο μεταναστευτικό πέρασμα του Ιονίου και οι δασωμένες πλαγιές προσφέρουν ιδανική προστασία για πολλά είδη. Δυστυχώς οι Παξοί, όπως και τα περισσότερα Επτάνησα, έχουν παράδοση στο παράνομο, εαρινό κυνήγι, κάτι που έχει ελαττώσει κατά πολύ, είδη που παλιότερα αφθονούσαν στο νησί. Από τα αρπακτικά συναντάει κανείς φιδαετούς, σφηκιάρηδες, γερακίνες, πετρίτες, μαυροπετρίτες, βραχοκιρκίνεζα και δεντρογέρακα, ενώ από τα νυχτόβια αρπακτικά εδώ ζούνε τυτούδες, κουκουβάγιες και γκιώνηδες. Κοντά στην ακτογραμμή πετάνε αρτέμηδες, μύχοι, θαλασσοκόρακες, χειμωνογλάρονα και ασημόγλαροι. Στο νησί δεν υπάρχουν υγρότοποι παρά μόνο μία μεγάλη τεχνητή δεξαμενή νερού και έτσι τα παρυδάτια είδη είναι σπάνια. Ενδιαφέρουσα είναι η κοινή παρουσία των μεγαλόπρεπων φασιανών που έχουν εισαχθεί για κυνήγι από παλαιότερα χρόνια και πλέον έχουν προσαρμοστεί απόλυτα στο νησί. Η ορνιθοπανίδα συμπληρώνεται με είδη, όπως τρυγόνια, μπεκάτσες, γυδοβύζια, τσαλαπετεινούς, αλκυόνες, μελισσοφάγους, κορυδαλλούς, ωχροκελάδες, δεντροκελάδες, σταχτάρες, βουνοσταχτάρες, σπιτοχελίδονα, σταβλοχελίδονα, μιλτοχελίδονα, βραχοχελίδονα, κοκκινολαίμηδες, αηδόνια, καρβουνιάρηδες, φοινίκουρους, σταχτοπετρόκληδες, ασπροκωλίνες, γαλαζοκότσυφες, τσίχλες, μαυροσκούφηδες, θαμνοτσιροβάκους, μαυροτσιροβάκους, κοκκινοτσιροβάκους, σταχτομυγοχάφτες, αετομάχους, κοκκινοκεφαλάδες, συκοφάγους, φλώρους, καρδερίνες, σκαρθάκια, σιρλοτσίχλονα και φρυγανοτσίχλονα.

Στο νησί μέχρι τώρα δεν έχουν καταγραφεί αμφίβια, ενώ στην ερπετοπανίδα πρωταγωνιστεί η ενδημική γουστέρα του Ιονίου. Άλλα είδη είναι τα σαμιαμίδια, οι κυρτοδάκτυλοι, τα κροκοδειλάκια, οι πρασινόσαυρες, οι σαύρες της Ρούμελης, οι λαφιάτες του Ασκληπιού, οι δεντρογαλιές και οι σαΐτες, ενώ πιθανολογείται και η παρουσία των αβλέφαρων και των αγιόφιδων. Από τα θηλαστικά ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα θαλάσσια είδη με κορυφαία την παρουσία της μεσογειακής φώκιας. Παλαιότερα οι σπηλιές των Παξών κατοικούνταν από δεκάδες φώκιες, κάτι που έχει καταγραφεί σε βικτωριανές ζωγραφιές ευρωπαίων περιηγητών, αλλά σήμερα η έντονη τουριστική δραστηριότητα έχει μειώσει δραματικά τους αριθμούς. Στις γύρω θάλασσες συχνά εμφανίζονται τα ρινοδέλφινα, τα σταχτοδέλφινα, τα ζωνοδέλφινα και πιο σπάνια τα κοινά δελφίνια. Άλλα θηλαστικά του νησιού είναι τα πετροκούναβα, οι νυφίτσες, οι σκατζόχοιροι, οι δασομυωξοί και διάφορα τρωκτικά και νυχτερίδες. Στο νησί ζει και ένα στενότοπο ενδημικό ισόποδο, το Armadillidium hauseni.