Η Λάφρη είναι μία από τις πολλές λιμνοθάλασσες που απλώνονται γύρω από το Πόρτο Λάγος, η οποία διακρίνεται για την σχετική απομόνωσή της που προσελκύει πολλά θαυμαστά είδη της ορνιθοπανίδας. Η Λάφρη συγχέεται συχνά με την δίδυμη λιμνοθάλασσα Λαφρούδα που βρίσκεται μόλις 500 μέτρα δυτικότερα. Στα ανατολικά της Λάφρης ξεκινάει ένα δίκτυο από κανάλια και λασποτόπια που την χωρίζουν από την λιμνοθάλασσα Νέας Κεσσάνης της οποίας ένα μεγάλο μέρος λειτουργεί σαν αλυκή. Στα βόρεια της Λάφρης υψώνονται οι λόφοι Πύργος και Πετρόλοφος και στα νότια της ενώνεται με το Θρακικό πέλαγος μέσω δύο τεχνητών διαύλων που ενώνονται μεταξύ τους μέσα από ένα κανάλι που κινείται παράλληλα με την ακτογραμμή. Πρόκειται για μια αβαθή λιμνοθάλασσα με μέσο βάθος τα 40 εκατοστά και μέγιστο τα 70 εκατοστά, κάτι που συχνά μεταβάλλεται από τα παλιρροιακά κύματα και την κατεύθυνση των θαλάσσιων ρευμάτων. Στα βόρεια της Λάφρης καταλήγει το ρέμα της Ποταμιάς που αποτελεί το υπόλειμμα της παλιάς κοίτης του ποταμού Κόσυνθου, ενώ τα νερά της λιμνοθάλασσας είναι υφάλμυρα λόγω της συνεχούς ένωσης με τη θάλασσα. Η συνολική έκταση της Λάφρης μαζί με τους παρακείμενους βάλτους και τα κανάλια στα ανατολικά της φτάνει τα 2.700 στρέμματα. Λίγο πιο βόρεια απλώνεται το γεωθερμικό πεδίο Νέας Κεσσάνης στο οποίο βρίσκονται και τα Λουτρά Ποταμιάς. Μικρές νησίδες, αμμολωρίδες, λασπότοποι, αλοφυτικές εκτάσεις και κανάλια δημιουργούν έναν λαβύρινθο που δύσκολα μπορεί να προσεγγίσει κανείς, καθώς δεν υπάρχουν δρόμοι που να φτάνουν μέχρι τη Λάφρη, πέρα από αυτούς που καταλήγουν στις μικρές εγκαταστάσεις των ιχθυοτροφείων. Παρόλο που η μετατροπή της Λάφρης σε έναν υγρότοπο-ιχθυοτροφείο έχει αλλοιώσει κατά πολύ τα φυσικά της χαρακτηριστικά, η λιμνοθάλασσα αποτελεί έναν ιδανικό βιότοπο που προσελκύει εκατοντάδες είδη της ορνιθοπανίδας.

 

Η βλάστηση γύρω από την Λάφρη αποτελείται από αμμόφιλα και αλόφιλα φυτά, όπως η Salsola tragus, η Euphorbia paralias, η Halimione portulacoides, η Salicornia perennans, το Arthrocnemum fruticosum, η Suaeda maritima, Euphorbia peplis, το Aster tripolium, το Medicago marina και η Amophila arenaria. Στις εκβολές της Ποταμιάς υπάρχουν κάποιες διάσπαρτες υδροχαρείς ιτιές, λεύκες και σκλήθρα που δίνουν μια μικρή εντύπωση από τα παλιά παραποτάμια δάση των εκβολών του Κόσυνθου. Στους γύρω λόφους και ανάμεσα σε καλλιέργειες υπάρχουν μικρά δάση από βελανιδιές και πουρνάρια, ενώ μπορεί κανείς να συναντήσει είδη, όπως η καμπανούλα Campanula rapunculus rapunculus, η σιληνή Silene euxina, ο Scolymus hispanicus, το Silybum marianum, ο Lathyrus annuus, το Xanthium spinosum, ο Carduus acicularis, η Fumaria macrocarpa, κ.ά.

Η Λάφρη, μαζί με την Λαφρούδα, είναι ιδιαίτερα σημαντική για την ορνιθοπανίδα. Λόγω των ρηχών νερών η λιμνοθάλασσα προσελκύει κάθε χειμώνα μεγάλους αριθμούς από φοινικόπτερα. Από τα αρπακτικά εδώ κυνηγούν σπάνιοι στικταετοί και θαλασσαετοί, χειμωνόκιρκοι, καλαμόκιρκοι, γερακίνες, ξεφτέρια, πετρίτες, τυτούδες και κουκουβάγιες. Το χειμώνα η Λάφρη κατακλύζεται από πολλά παπιά, όπως βαρβάρες, πρασινοκέφαλες, καπακλήδες, ψαλίδες, χουλιαρόπαπιες, σφυριχτάρια, κιρκίρια, σαρσέλες, γκισάρια, μαυροκέφαλες πάπιες και θαλασσοπρίστες. Αλλα είδη που συναντάει κανείς στην περιοχή είναι οι αργυροπελεκάνοι, οι ροδοπελεκάνοι, οι κορμοράνοι, οι λαγγόνες, οι αργυροτσικνιάδες, οι σταχτοτσικνιάδες, οι λευκοτσικνιάδες, οι πορφυροτσικνιάδες, οι κρυπτοτσικνιάδες, οι χουλιαρομύτες, οι αβοκέτες, οι μαυροκέφαλοι γλάροι, οι λεπτόραμφοι γλάροι, τα μαυροβουτηχτάρια, τα νανοβουτηχάρια, τα σκουφοβουτηχτάρια, οι λευκοί πελαργοί, οι φαλαρίδες, οι στρειδοφάγοι, οι καλαμοκανάδες, οι μαυρότρυγγες, οι κοκκινοσκέληδες, οι πετροτουρλίδες, τα νεροχελίδονα, οι θαλασσοσφυριχτές, οι ποταμοσφυριχτές, οι αμμοσφυριχτές, οι χαλικοκυλιστές, οι καλημάνες, οι αγκαθοκαλημάνες, διάφορα είδη από σκαλίδρες, οι αλκυόνες, οι νεροκελάδες, οι αετομάχοι, τα ψαρόνια, τα καλαμοτσίχλονα, οι κιτρινοσουσουράδες, τα ψευταηδόνια, οι τσιφτάδες, κ.ά.

Από τα αμφίβια εδώ ζούνε κοινοί τρίτωνες, πρασινόφρυνοι, δεντροβάτραχοι και λιμνοβάτραχοι, ενώ στις χέρσες περιοχές απαντάται ο σπάνιος πηλοβάτης. Η ερπετοπανίδα περιλαμβάνει σαμιαμίδια, πρασινόσαυρες, σιλιβούτια, σαύρες του Ταύρου, έρυκες, νερόφιδα, λιμνόφιδα, σπιτόφιδα, σαπίτες και οχιές. Από τα θηλαστικά περιστασιακή είναι η εμφάνιση του τσακαλιού και της αγριόγατας, ενώ εδώ ακόμα κυνηγάνε οι βίδρες. Άλλα είδη είναι η αλεπού, ο ασβός, ο σκαντζόχοιρος, το πετροκούναβο, η νυφίτσα, ο τυφλοπόντικας, ο λαγός και η σπάνια στικοϊκτίδα. Στα νερά της Λάφρης ψαρεύονται κεφαλόπουλα, τσιπούρες, λαβράκια, γλώσσες και χέλια. Άλλα είδη είναι ο ζαχαριάς (Aphanius faschiatus), ο πρασινογωβιός (Zosterissesor ophiocephalus), ο ποντογωβιός (Knipowitschia caucasica), το αγκαθερό (Gasterosteus gymnurus) και η σαρδελομάνα (Alosa fallax). Στη Λάφρη ζούνε σε μεγάλους αριθμούς οι επιγενείς κάβουρες του είδους Callinectes sapidus, η όπως αλλιώς ονομάζονται «αμερικανικοί κάβουρες».