Η μοναδική φυσική λίμνη της Θράκης αποτελεί, μαζί με τις λιμνοθάλασσες της Ροδόπης και τους κοντινούς ποταμούς, ένα ενιαίο συγκρότημα υδροβιοτόπων, στο οποίο βρίσκουν καταφύγιο εκατοντάδες είδη της άγιας πανίδας. Η Ισμαρίδα αναφέρεται και ως λίμνη Μητρικού, λίμνη Μάνα ή Ανά Γκιολού και βρίσκεται στα νοτιοδυτικά του νομού Ροδόπης, εκεί που τώρα απλώνεται η πεδιάδα που στα αρχαία χρόνια κατοικούνταν από τον λαό των Κικόνων. Το όνομα Ισμαρίδα προέρχεται από την αρχαία πόλη Ίσμαρος, η οποία ήταν γνωστή από τα ομηρικά χρόνια για το κρασί της, τον «ισμαρικόν οίνο», με το οποίο μέθυσε ο Οδυσσέας τον κύκλωπα Πολύφημο. Ενδιαφέρον παρουσιάζει το γεγονός ότι η Ισμαρίδα είναι η μοναδική αβαθής λίμνη γλυκού νερού που επιβίωσε στην Ελλάδα μετά την αποξήρανση της Κάρλας, της Κωπαΐδας και της λίμνης των Γιαννιτσών. Η λίμνη υπήρξε τα αρχαία χρόνια λιμνοθάλασσα αλλά με τις προσχώσεις των ποταμών αποκόπηκε από την ακτογραμμή. Στη συνέχεια εμπλουτίστηκε από τα επιφανειακά νερά και μετατράπηκε σε μία ρηχή λίμνη τύπου ανατολικοευρωπαΐκής στέππας. Τα νερά της πλέον είναι υφάλμυρα, καθώς μετά την κατασκευή αποστραγγιστικής τάφρου ενώθηκε με την θάλασσα. Οι ακτές του Θρακικού Πελάγους στον όρμο Ανοικτού βρίσκονται μόλις 3 χιλιόμετρα νοτιότερα, ενώ στα 4 περίπου χιλιόμετρα νοτιοδυτικά της ξεκινάει η αλυσίδα των λιμνοθαλασσών της Ροδόπης (Έλος, Πτελέα, Αλυκή, Καρατζά και Ξηρολίμνη). Στα ανατολικά της κυλάει ο ποταμός Φιλιούρης (Λίσσος) που την χωρίζει από το όρος Ίσμαρος και στα δυτικά της βρίσκεται η μεγάλη λίμνη της Βιστωνίδας. Το μέγεθος της Ισμαρίδας κυμαίνεται μεταξύ 2.000-3.000 στρεμμάτων και η περίμετρος της φτάνει τα 8 χλμ. Το σχήμα της είναι ελλειπτικό ενώ το βάθος της κυμαίνεται από 1 εώς 1,5 μέτρα, ανάλογα με τις εποχικές παροχές του ποταμού Βοσβόζη που εκβάλλει στις βόρειες όχθες της λίμνης και συνεχίζει την πορεία του προς τη θάλασσα από τις νότιες όχθες. Η λίμνη Ισμαρίδα αποτελεί τμήμα του Εθνικού Πάρκου Ανατολικής Μακεδονίας-Θράκης και είναι μία από τις πιο πλούσιες σε άγρια ζωή λίμνες της Ελλάδας.

Γύρω από την Ισμαρίδα απλώνονται μεγάλες εκτάσεις καλλιεργειών, ενώ η λίμνη περιβάλλεται από πυκνούς καλαμιώνες του είδους Phragmites australis. Στις βόρειες όχθες και στο σημείο που εκβάλλει ο Βοσβόζης βρίσκεται ένα όμορφο παραλίμνιο δάσος από σκλήθρα, ιτιές, λεύκες, νερόφραξους και φτελιές. Η λίμνη χαρακτηρίζεται από μια εντυπωσιακή υδρόφιλη βλάστηση με είδη, όπως η Lemna minor, το Myriophullum spicatum, το Ceratophyllum demersum, η Groenlandia densa, η Salvinia natans, διάφορα είδη ποταμογείτονα (Potamogeton sp.), η νεραγκούλα Ranunculus trichophilus, τα ψαθιά Typha latifolia και T. angustifolia, το λευκό νούφαρο (Nymphea alba) και ο Scirpus  lacustris, ενώ τα επιφανειακά νερά καλύπτονται από τα νεροκάστανα (Trapa natans). Άλλα είδη της χλωρίδας που συναντάει κανείς στην περιοχή είναι η ίριδα Iris pseudacorus, ο Cynodon dactylon, το Tripolium pannonicum, ο Carduus acicularis, ο Lathyrus annuus, ο Anthriscus sylvestris nemorosus και η Euphorbia amygdaloides.

Η Ισμαρίδα είναι ένας από τους σημαντικότερους βιοτόπους για την ορνιθοπανίδα στη Βόρεια Ελλάδα, καθώς εδώ απαντώνται περίπου 225 είδη πουλιών. Στην κορυφή βρίσκονται τα παπιά, οι χήνες και οι κύκνοι που διαχειμάζουν στην ασφάλεια των νερών της λίμνης. Σημαντικά είδη είναι η κοκκινόχηνα, η νανόχηνα, η σταχτόχηνα, η ασπρομέτωπη χήνα, ο βουβόκυκνος, ο αγριόκυκνος, το κεφαλούδι, η καστανόπαπια, η βαρβάρα, το σφυριχτάρι, η βαλτόπαπια, η χουλιαρόπαπια, το φερεντίνι, η πρασινοκέφαλη, ο καπακλής, το κιρκίρι, το φερεντίνι, η σαρσέλα και η μαυροκέφαλη. Τα αρπακτικά περιλαμβάνουν πολλά σπάνια είδη, όπως θαλασσαετούς, βασιλαετούς, κραυγαετούς, φιδαετούς, τσίφτες, χειμωνόκιρκους, καλαμόκιρκους, λιβαδόκιρκους, σπάνιες χιονογερακίνες, γερακίνες, ξεφτέρια, σαΐνια, κιρκινέζια, μαυροκιρκίνεζα, πετρίτες, νανογέρακα, βαλτόμπουφους, τυτούδες και κουκουβάγιες. Άλλα σημαντικά είδη είναι οι αργυροπελεκάνοι, οι ροδοπελεκάνοι, οι λαγγόνες, οι αβοκέτες, οι χαλκόκοτες, οι χουλιαρομύτες, οι πορφυροτσικνιάδες, οι ήταυροι, οι κρυπτοτσικνιάδες, οι αργυροτσικνιάδες, οι λευκοτσικνιάδες, οι μικροτσικνιάδες, οι μαύροι πελαργοί, οι μελισσοφάγοι, οι αγκαθοκαλημάνες, τα νεροχελίδονα, τα μουστακογλάρονα, τα μαυροβουτηχτάρια, τα σκουφοβουτηχτάρια, τα μπεκατσίνια, οι αλκυόνες, τα ψευταηδόνια, οι υφάντρες και τα ψαρόνια.

Η πανίδα των αμφιβίων και των ερπετών είναι εξίσου πλούσια με είδη, όπως οι ανατολικοί χτενοτρίτωνες, οι πρασινόφρυνοι, οι κιτρινομπομπίνες, οι δεντροβάτραχοι, οι σπάνιοι πηλοβάτες, οι λιμνοβάτραχοι. οι ποταμοχελώνες, οι βαλτοχελώνες, οι μεσογειακές χελώνες, οι πρασινόσαυρες, οι σαύρες του Ταύρου, οι τυφλίτες, τα νερόφιδα, τα λιμνόφιδα, τα σπιτόφιδα, οι σαπίτες, τα αγιόφιδα, οι λαφιάτες και οι οχιές. Από τα θηλαστικά ξεχωρίζει η συχνή εμφάνιση του σπάνιου τσακαλιού, αλλά και ειδών, όπως η βίδρα, η αγριόγατα, η αλεπού, ο ασβός, ο σκαντζόχοιρος, το πετροκούναβο, η νυφίτσα, ο νεροαρουραίος, ο τυφλοπόντικας και διάφορα είδη μυγαλών και νυχτερίδων. Η ιχθυοπανίδα της λίμνης περιλαμβάνει σημαντικά είδη, όπως την αλάια (Alburnus vistonicus), την θρακική μπριάνα (Barbus cyclolepis), την θρακοβελονίτσα (Cobitis strumicae), τον βουλγαρογωβιό (Gobio bulgaricus), το τσαϊλάκι (Petroleuciscus borysthenicus) και τον θρακικό ποταμοκέφαλο (Squalius orpheus). Άλλα είδη είναι το χέλι (Anguilla anguilla), η πεταλούδα (Carassius gibelio), το γριβάδι (Cyprinus carpio), το αγκαθερό (Gasterosteus gymnourus) και το κουνουπόψαρο.

Δυστυχώς η λίμνη Ισμαρίδα αποτελεί πλέον μια ευτροφική λίμνη στην οποία σημειώνονται συνεχείς θάνατοι ψαριών σε μεγάλη κλίμακα, κάτι που οφείλεται στην έλλειψη οξυγόνου στο νερό της λίμνης. Στα χημικά των καλλιεργειών προστίθενται τα ζιζανιοκτόνα που κατά καιρούς ρίχνουν οι αλιείς για να μειώσουν την επιπλέουσα πυκνή βλάστηση, ενώ άλλα προβλήματα είναι το παράνομο κυνήγι, η επέκταση των γεωργικών εκτάσεων και η συνεχώς αυξανόμενη υδροληψία.