Ένα από τα σημαντικότερα υγροτοπικά συμπλέγματα της Ευρώπης που απλώνεται στις ακτές του Θρακικού πελάγους και μαγνητίζει χιλιάδες είδη της ορνιθοπανίδας κάθε χρόνο. Το Εθνικό Πάρκο Ανατολικής Μακεδονίας-Θράκης ιδρύθηκε το 2008 και αποτελεί το μεγαλύτερο εθνικό πάρκο της χώρας. Καλύπτει μία τεράστια έκταση που φτάνει τα 930.000 στρέμματα στα νότια των νομών Καβάλας, Ξάνθης και Ροδόπης. Απλώνεται σε μία οριζόντια λωρίδα και περιλαμβάνει, από τα δυτικά προς τα ανατολικά, τις λιμνοθάλασσες Βάσσοβας, Ερατεινού, Αγιάσματος, Κεραμωτής και Μοναστηρακίου, τις εκβολές του Νέστου με το παραμοτάμιο δάσος Κοτζά Ορμάν, τις λιμνοθάλασσες Ερασμίου, Μαγγάνων, Λαφρούδα και Λάφρη, τη λίμνη Βιστωνίδα, τις λιμνοθάλασσες Πόρτο Λάγος, Ξηρολίμνη, Καρατζά, Αλυκή, Πτελέα και Έλους, τη λίμνη Ισμαρίδα και τις εκβολές του Φιλιούρη. Στα βόρεια το Πάρκο συνορεύει με τα όρη Λεκάνης, το Αχλαδόβουνο, τους λόφους Μαγγίλια και το Παπίκιο όρος, ενώ στα νότια βρέχεται από το Θρακικό πέλαγος. Μέσα σε αυτή την έκταση αλληλοκαλύπτονται δεκάδες διαφορετικοί βιότοποι, όπως λιμνοθάλασσες, μεγάλες και μικρές λίμνες, εκβολές ποταμών, βαλτότοποι, μικροί λόφοι, ρέματα, μεγάλα αλίπεδα, παραποτάμια δάση, υγρολίβαδα, αμμοθίνες, ήρεμοι όρμοι με αβαθή νερά, καλλιέργειες, θαμνώνες, καλαμιώνες, κ.ά. Όλο αυτό το υγροτοπικό σύστημα, όπως είναι λογικό, μαγνητίζει χιλιάδες είδη της άγριας ζωής. Η ορνιθοπανίδα εντυπωσιάζει τόσο σε αριθμούς, όσο και σε παρουσία ιδιαίτερα σπάνιων ειδών, η ιχθυοπανίδα ακολουθεί με πολλά στενότοπα ενδημικά ψάρια του γλυκών και υφάλμυρων νερών και από τα θηλαστικά εδώ απαντώνται σε μεγάλους αριθμούς πολλά ακτιβοθώρητα ζώα. Το Εθνικό Πάρκο Ανατολικής Μακεδονίας - Θράκης, όσο εύκολα προσβάσιμο κι αν είναι, μοιάζει ατέλειωτο, και δεν υπάρχει μία μέρα του χρόνου που να μην προσφέρει έντονες εμπειρίες για τον εξερευνητή και τον φυσιολάτρη.

Τα πυκνά παραποτάμια δάση της περιοχής αποτελούνται από σκλήθρα, ασημόλευκες, καβάκια, πλατάνια, φτελιές, σφενδάμια, φλαμουριές, φράξους, ιτιές, βελανιδιές, αλμυρίκια, κ.ά. Ανάμεσα σε αυτά ξεχωρίζει το παραποτάμιο δάσος του Νέστου, Κοτζά Ορμάν, ένα μικρό υπόλειμμα ενός αρχαίου απέραντου, άγριου δάσους. Σε διάφορα σημεία υπάρχουν μικρές αναδασώσεις με τραχείες πεύκες. Η βλάστηση του πάρκου αποτελείται κυρίως από υδροχαρή, αμμόφιλα, αλόφιλα και υδρόβια είδη, όπως η Cakile maritima subsp. maritima, η Salicornia perennans subsp. perennans, ο κρίνος της θάλασσας Pancratium maritimum, το Arthrocnemum macrostachyum, οι ευφόρβιες Euphorbia paralias, Euphorbia peplis και Euphorbia seguieriana, ο Cyperus hamulosus, το Halimione portulacoides, ο Cynodon dactylon, η Dittrichia viscosa, η περικοκλάδα Cynanchum acutum, η Ammophila arenaria, η Salsola kali, ο Carduus acicularis, ο Anthriscus sylvestris subsp. nemorosus, τα βούρλα Juncus acutus subsp. acutus και Juncus maritimus, το Glaucium flavum, η νεραγκούλα Ranunculus trichophilus, ο Scolymus hispanicus, η Anchusa procera, το Eryngium maritimum και το ψαθί Typha latifolia. Στα γλυκά νερά απαντώνται είδη, όπως το νούφαρο Nymphea alba, το νεροκάστανο Trapa natans, η φακή του νερού Lemna minor και η ίριδα Iris pseudacorus. Στα ρηχά νερά κοντά στην ακτογραμμή απλώνονται λιβάδια από θαλάσσια αγγειόσπερμα των ειδών Cymodocea nodosa, Ruppia cirrhosa και Zostera noltii.

 

Η περιοχή είναι από τις σημαντικότερες της Ευρώπης για την ορνιθοπανίδα, περιλαμβάνοντας περισσότερα από 260 είδη. Οι βάλτοι του πάρκου είναι το μοναδικό σημείο αναπαραγωγής της αγκαθοκαλημάνας στην Ευρώπη. Στα χωράφια ξεχειμωνιάζουν μεγάλα κοπάδια από ασπρομέτωπες χήνες, ενώ συχνή είναι και η εμφάνιση της σπάνιας νανόχηνας. Στα παραποτάμια δάση ζούνε άγριοι φασιανοί και μαύροι δρυοκολάπτες. Στις λιμνοθάλασσες καταφθάνουν τον χειμώνα αρκετοί αργυροπελεκάνοι, αλλά και μεγάλα κοπάδια από φοινικόπτερα. Στην περιοχή ζούνε πολλά εξαιρετικά σπάνια είδη, όπως οι βαλτόμπουφοι, οι θαλασσοπρίστες και οι ληστόγλαροι. Από τα πιο ακριβοθώρητα είδη εμφανίζονται λαγγόνες, ήταυροι, κεφαλούδια, μαυροκέφαλες πάπιες, βαλτόπαπιες, νεροχελίδονα, στρειδοφάγοι, πετροτρουλίδες, καλημάνες και γαλαζολαίμηδες. Από τα αρπακτικά απαντώνται θαλασσαετοί, στικταετοί, χειμωνόκιρκοι, καλαμόκιρκοι, τσίφτες, αετογερακίνες, γερακίνες, ξεφτέρια, σαΐνια, βραχοκιρκίνεζα, πετρίτες, δεντρογέρακα, τυτούδες και κουκουβάγιες. Άλλα πιο κοινά είδη είναι οι κορμοράνοι, οι πορφυροτσικνιάδες, οι σταχτοτσικνιάδες, οι αργυροτσικνιάδες, οι λευκοτσικνιάδες, οι κρυπτοτσικνιάδες, οι νυχτοκόρακες, οι χουλιαρομύτες, τα γκισάρια, τα κιρκίρια, οι χουλιαρόπαπιες, οι χαλκόκοτες, οι βουβόκυκνοι, οι καπακλήδες, τα σφυριχτάρια, οι πρασινοκέφαλες πάπιες, οι ψαλίδες, οι βαρβάρες, οι αβοκέτες, οι καλαμοκανάδες, οι κοκκινοσκέληδες, οι σιγλίγουροι, οι θαλασσοσφυριχτές,  τα ποταμογλάρονα, τα νανογλάρονα, τα χειμωνογλάρονα, οι μαυροκέφαλοι γλάροι, οι λεπτόραμφοι γλάροι, οι αλκυόνες, τα ψευταηδόνια, οι υφάντρες, τα ψαρόνια, τα καλαμοτσίχλονα και πολλά ακόμα.

Από τα αμφίβια εδώ απαντώνται ανατολικοί λισσοτρίτωνες, βαλκανικοί τρίτωνες, πρασινόφρυνοι, δεντροβάτραχοι, λιμνοβάτραχοι και σβελτοβάτραχοι. Η ερπετοπανίδα περιλαμβάνει είδη, όπως ποταμοχελώμες, βαλτοχελώνες, γραικοχελώνες, μεσογειακές χελώνες, σαμιαμίδια, κυρτοδάκτυλους, πρασινόσαυρες, βαλκανόσαυρες, τυφλίτες, έρυκες, έφιους, κεχρίτες, λαφιάτες του Ασκληπιού, σπιτόφιδα, νερόφιδα, λιμνόφιδα, σαπίτες και οχιές. Από τα θηλαστικά ξεχωρίζει η πυκνή παρουσία του τσακαλιού. Άλλα είδη είναι η βίδρα, η αγριόγατα, η αλεπού, ο ασβός, ο λαγόγυρος, ο σκαντζόχοιρος, το πετροκούναβο, η νυφίτσα, ο νεροαρουραίος, ο τυφλοπόντικας και περίπου 10 είδη νυχτερίδων.

Στο πάρκο έχουν καταγραφεί 21 είδη ψαριών του γλυκού νερού, από τα οποία ξεχωρίζει η παρουσία της θρίτσας (Alosa vistonica). Μέχρι και πριν λίγες δεκαετίες εδώ ζούσαν ευρωπαϊκοί οξύρυγχοι (Acipenser sturio) και αστροξυρίχια (Acipenser stellatus), ενώ ένα εμβληματικό είδος της περιοχής είναι η αλάια (Alburnus vistonicus). Άλλα είδη είναι το χέλι (Anguilla anguilla), ο ζαχαριάς (Aphanius fasciatus), η θρακική μπριάνα (Barbus cyclolepis), η θρακοβελονίτσα (Cobitis strumicae), το αγκαθερό (Gasterosteus gymnourus), ο βουλγαρογωβιός (Gobio bulgaricus), ο ποντογωβιός (Knipowitschia caucasica), το μικρόσιρκο (Leucaspius delineatus), το πετροχείλι (Oxynoemacheilus bureschi), το τσαϊλάκι (Petroleuciscus borysthenicus), η μουρμουρίτσα (Rhodeus amarus), το τσιρώνι (Rutilus rutilus), ο γουλιανός (Silurus glanis) και το γληνί (Tinca tinca).