Δύο πανέμορφες λίμνες στεφανωμένες από μεγάλες οροσειρές που ενώνουν τρία έθνη και θεωρούνται ένας από τους σημαντικότερους βιοτόπους της Ευρώπης. Η Μικρή και η Μεγάλη Πρέσπα βρίσκονται σε υψόμετρο 850 μέτρων και μαζί με τη λίμνη Οχρίδα ονομάζονταν κατά την αρχαιότητα οι λίμνες της Δασσαρικής λεκάνης. Οι Πρέσπες σχηματίστηκαν κατά τη διάρκεια του Τριτογενούς και αρχικά υπήρξαν ενωμένες. Οι εναποθέσεις υλικών από το ποτάμι του Αγίου Γερμανού στα ανατολικά των λιμνών δημιούργησαν με τα χρόνια έναν αμμώδη δίαυλο πλάτους από 200 μ. εώς 1 χλμ. που χώρισε τις λίμνες. Η στάθμη της Μικρής Πρέσπας είναι υψηλότερη από αυτή της Μεγάλης και είναι η πρώτη που τροφοδοτεί με νερά τη δεύτερη μέσω ενός καναλιού στη θέση Κούλα. Το μεγαλύτερο μέρος της Μικρής Πρέσπας βρίσκεται στην Ελλάδα και χαρακτηρίζεται από την παρουσία του ιστορικού νησιού του Αγίου Αχιλλείου, από το μικρό Βιδρονήσι και από απέραντους καλαμιώνες και μεγάλες εκτάσεις με υγρολίβαδα. Στα νότια βρίσκεται το όρος Τρικλάριο και στα ανατολικά υψώνονται οι κορυφές του Βαρνούντα. Η πιθανότερη προέλευση του ονόματος «Πρέσπα» είναι από το λατινικό «praesepe» που σημαίνει φάτνη, μια πετυχημένη ονομασία καθώς οι λίμνες βρίσκονται στο μέσο μιας λεκάνης που διατηρεί έναν τεράστιο πλούτο άγριας ζωής. Η έκταση του Εθνικού Πάρκου φτάνει τα 195 τ.χλμ. από τα οποία τα 82 τ.χλμ. ανήκουν στα νερά των λιμνών. Με μια γενική προσέγγιση, η περιοχή χωρίζεται σε 5 κύρια οικοσυστήματα. Πρώτο και σημαντικότερο είναι οι υγρότοποι που δημιουργούν οι δύο λίμνες μαζί με τους καλαμιώνες και τα υγρά λιβάδια μέσα στους οποίους βρίσκουν καταφύγιο και αναπαράγονται δεκάδες είδη από σπάνια πουλιά και ψάρια. Ακολουθούν οι περιοχές που συνορεύουν με τις λίμνες και αποτελούνται κυρίως από χωράφια, όπου σμήνη πουλιών συγκεντρώνονται για να τραφούν από τα υπολείμματα των καλλιεργειών και μαζί με τα μικρά τρωκτικά δημιουργούν ιδανικές συνθήκες κυνηγιού για τα αρπακτικά πουλιά και τα σαρκοφάγα θηλαστικά. Λίγο πιο ψηλά, βρίσκεται η ζώνη γύρω από τους οικισμούς, όπου η μεγάλη ποικιλία οπωροφόρων δέντρων, η παρουσία ενός δαίδαλου μικρών ποταμών, το πλούσιο έδαφος και η σχετικά ομαλή γεωμορφολογία προσελκύει πλήθος ζώων. Μετά τους οικισμούς εκτείνονται οι πλαγιές με τα πυκνά δάση της περιοχής με κυρίαρχα τα δρυοδάση, τα ελατοδάση και τα δάση από οξιές. Τέλος, πάνω από τα 1.800 μέτρα στον ορεινό όγκο του όρους Βαρνούντα, απλώνονται τα αλπικά λιβάδεια της περιοχής.

Οι Πρέσπες φιλοξενούν πάνω από 1.700 είδη φυτών κατατάσσοντας την περιοχή σε μία από τις σημαντικότερες για την χλωρίδα στην Ελλάδα. Τα δάση της περιοχής αποτελούνται από δεκάδες είδη, όπως η λευκή ελάτη, η οξυά, η σημύδα, η μακεδονική πεύκη, το σφενδάμι, το σκλήθρο, ο αγριοπλάτανος, ο φράξος, η ασημόλευκα, το καβάκι, η τρεμόλευκα, η φλαμουριά, η τσεροβελανιδιά, η μακεδονική βελανιδιά, το νανόκερδο, το ρόμπολο, ο πυξός, η φουντουκιά, η φτελιά, αλλά και εννέα είδη από ιτιές. Σημαντική είναι η παρουσία των βουνοκυπάρισσων και των αγριοκυπάρισσων που εδώ συναντώνται στην ιδιαίτερα σπάνια μορφή των υπεραιωνόβιων δένδρων. Από την υδρόβια βλάστηση ξεχωρίζουν τα νούφαρα Nuphar lutea και Nymphaea alba, αλλά και ενδιαφέροντα είδη, όπως η Azolla filiculoides, ο Potamogeton gramineus, η Callitriche palustris, η Aldrovanda vesiculosa, η Lemna trisulca, η Utricularia australis, η Stuckenia pectinata, ο Ranunculus rionii, η Oenanthe aquatica και η Salvinia natans. Τα σημαντικότερα φυτά της περιοχής είναι η Phelypaea boissieri, η κενταύρια Centaurea soskae, η Anthemis macedonica, η Ramonda serbica, η Gentiana punctata, ο Acanthus greuterianus, ο Cynoglottis barrelieri subsp. serpentinicola, το Heracleum orphanidis, το Sedum aetnense, το Sempervivum ciliosum, ο Astragalus physocalyx, η Pinguicula balcanica, ο Adonis aestivalis, η Comandra umbellata subsp. elegans και η βιόλα Viola velutina. Άλλα σημαντικά είδη της χλωρίδας είναι η ανεμώνη Anemone nemorosa, η Achillea distans, το αγριόσκορδο Allium oleraceum, η Globularia bisnagarica, το Geum coccineum, το Haplophyllum coronatum, το Eryngium palmatum, το μύρτιλλο Vaccinium myrtillus, το Asarum europaeum, η Ajuga laxmannii, το Bellidiastrum michelii, το Onosma visianii, το Sempervivum ruthenicum, η Bruckenthalia spiculifolia, το Goniolimon tataricum, οι κρίνοι Lilium candidum, Lilium chalcedonicum και Lilium albanicum, ο νάρκισσος Narcissus poeticus subsp. poeticus, η Lomelosia rotata, το Bidens cernuus, η κενταύρια Centaurea finazzeri subsp. kozanii, το κολχικό Colchicum doerfleri, η ίριδα Iris germanica, η Orthilia secunda, η καμπανούλα Campanula bononiensis, το Cirsium tymphaeum, η Tephroseris integrifolia, το Heliotropium halacsyi, οι σιληνές Silene damboldtiana, Silene waldsteinii και Silene frivaldszkyana, ο κρόκος Crocus chrysanthus, οι φριτιλάριες Fritillaria gussichiae και Fritillaria montana, το Melampyrum heracleoticum, η Viola eximia, η Anthyllis aurea και η αγριοτριανταφυλλιά Rosa pendulina. Επίσης στην περιοχή φύονται και πολλές ορχιδέες, όπως το Epipogium aphyllum, η Anacamptis morio, το Cephalanthera damasonium, το Cephalanthera rubra, η Dactylorhiza cordigera, η Dactylorhiza saccifera, το Himantoglossum jankae, η Neottia ovata, η Neotinea ustulata, η Platanthera bifolia, η Orchis purpurea και η Ophrys apifera.

 

Η αξία της περιοχής για τα άγρια πουλιά είναι τεράστια καθώς εδώ απαντώνται πάνω από 270 είδη. Στις Πρέσπες ζει και αναπαράγεται η μεγαλύτερη αποκία αργυροπελεκάνων της Γης, περί τα 1.000 ζευγάρια, καθώς και 350 ζευγάρια ροδοπελεκάνων. Πρόκειται για την μοναδική περιοχή σε όλη την Ευρώπη που αναπαράγονται και τα δύο είδη σε τόσο μεγάλους αριθμούς. Σημαντική είναι η παρουσία της σπάνιας λαγγόνας με πάνω από 1.300 ζευγάρια όπως και η παρουσία ενός μικρού αριθμού χηνοπριστών, απομεινάρι ενός παμπάλαιου πληθυσμού, καθώς το είδος σήμερα αναπαράγεται μόνο στην Σκανδιναβία και στην βόρεια Ρωσία. Από τα αρπακτικά εδώ παρατηρούνται σπάνιοι βασιλαετοί, χρυσαετοί, θαλασσαετοί, ψαραετοί, φιδαετοί, σφηκιάρηδες, τσίφτηδες, καλαμόκιρκοι, χειμωνόκιρκοι, λιβαδόκιρκοι, γερακίνες, διπλοσάινα, ξεφτέρια, κιρκινέζια, βραχοκιρκίνεζα, μαυροκιρκίνεζα, δεντρογέρακα, νανογέρακα, μπούφοι, νανόμπουφοι, χουχουριστές και κουκουβάγιες. Άλλα σημαντικά είδη είναι το κηλιδοβούτι, το λαμπροβούτι, η λαγγόνα, ο ήταυρος, ο μαυροπελαργός, ο λευκός πελαργός, η χαλκόκοτα, η χουλιαρομύτα, ο βουβόκυκνος, η σταχτόχηνα, η ασπρομέτωπη χήνα, το φερεντίνι, η βαλτόπαπια, η δασόκοτα, η πετροπέρδικα, η καμπίσια πέρδικα, η μπεκάτσα, η φάσσα, ο μελισσοφάγος, ο μαύρος δρυοκολάπτης, ο πράσινος δρυοκολάπτης, η χιονάδα, ο νεροκότσυφας, ο χιονοψάλτης, ο πυρροκότσυφας, η γερακότσιχλα, η βαλτοποταμίδα, ο γερακοτσιροβάκος, ο μουστακαλής, η υφάντρα, ο δεντροτσοπανάκος, ο τοιχοδρόμος, ο συκοφάγος, ο διπλοκεφαλάς, η κάργια, ο κόρακας, ο χειμωνόσπινος, ο πύρουλας, ο κοκκοθραύστης, το χρυσοτσίχλονο και το βουνοτσίχλονο.

Στην περιοχή ζούνε 11 είδη αμφιβίων, μεταξύ των οποίων είναι η σαλαμάνδρα, ο μακεδονικός τρίτωνας, ο κοινός τρίτωνας, ο φρύνος, η κιτρινομπομπίνα, ο πηλοβάτης, ο δεντροβάτραχος και ο σβελτοβάτραχος. Από τα ερπετά που περιλαμβάνουν 22 είδη ξεχωρίζουν η βαλτοχελώνα, η μεσογειακή χελώνα, η σαύρα της Ρούμελης, η σπάνια αμμόσαυρα, η πρασινόσαυρα, ο στεφανοφόρος, η δεντρογαλιά, ο έφιος, ο σαπίτης, το νερόφιδο, το λιμνόφιδο, το σπιτόφιδο, η οχιά και ο σπάνιος αστρίτης. Η περιοχή είναι από τις πιο πλούσιες στη χώρα μας σε θηλαστικά, καθώ εδώ ζούνε 60 είδη. Στην κορυφή βρίσκονται η αρκούδα, ο λύκος, η αγριόγατα, το ζαρκάδι, το αγριόγιδο, ο αγριόχοιρος, η αλεπού, ο ασβός, η νυφίτσα, η βίδρα, το πετροκούναβο, ο λαγός, ο σκίουρος, ο δεντρομυωξός και ο δασομυωξός. Οι Πρέσπες είναι ένας από τους σημαντικότερους βιοτόπους στην Ευρώπη για τις νυχτερίδες καθώς εδώ ζούνε 26 διαφορετικά είδη. Μεγάλος είναι και ο πλούτος της ιχθυοπανίδας των λιμνών και των ποταμών που αντιπροσωπεύεται από 23 είδη από τα οποία τα 9 είναι ενδημικά. Αυτά είναι η μπριάνα των Πρεσπών (Barbus prespensis), το τσιρωνάκι των Πρεσπών (Alburnoides prespensis), το μπελοτσιρόνι (Alburnus belvica), το σκουμπούζι (Chondrostoma prespense), η τσίμα της Πρέσπας (Pelasgus prespensis), η πλατίκα της Πρέσπας (Rutilus prespensis), ο ποταμοκέφαλος Πρέσπας (Squalius prespensis), η βρυγοβελονίτσα (Cobitis meridionalis) και η πέστροφα των Πρεσπών (Salmo peristericus).