Ένα μοναδικό νησιωτικό σύμπλεγμα που η σχετική γεωγραφική απομόνωση και ο αειφορικός τρόπος ζωής των κατοίκων έχουν διασώσει μέχρι τις μέρες μας έναν τεράστιο αριθμό από άγρια ζώα και φυτά, πολλά από τα οποία είναι ενδημικά αυτού του μικρού τόπου. H περιοχή προς το παρόν αποτελεί Ζώνη Ειδικής Προστασίας, εντούτοις ο σπάνιος φυσικός πλούτος, τόσο στην ξηρά όσο και στη θάλασσα, μόνο σε Εθνικό Θαλάσσιο Πάρκο μπορεί να παραπέμπει. Η περιοχή προστασίας περιλαμβάνει όλη την Βόρεια Καρπάθο, λίγο μετά το χωριό Σπόα και βορειότερα, τη νήσο Σαρία και μια μεγάλη έκταση θάλασσας γύρω από τη ξηρά. Η συνολική έκταση, που καλύπτει τόσο θαλάσσιες όσο και χερσαίες περιοχές, φτάνει τα 154 τ.χλμ. Η Κάρπαθος και η ακατοίκητη Σαρία χωρίζονται από μια στενή θαλάσσια λωρίδα μήκους 1,5 ν.μ., ενώ στο στενότερο σημείο η απόσταση μεταξύ τους είναι μόλις 150 μέτρα και τα βάθος της θάλασσας φτάνει τα 80 μέτρα. Στα δυτικά και μόλις 18 ν.μ. από την Κάρπαθο βρίσκονται οι υπέροχες Αστακίδες, ένα μικρό σύμπλεγμα από βραχονησίδες που αποτελεί μια πολύ σημαντική περιοχή για την άγρια φύση του Αιγαίου, καθώς αποτελεί καταφύγιο πολλών σπάνιων ειδών. Στα βόρεια του νησιού βρίσκεται και ο όρμος του Τριστόμου, ένας κλειστός όρμος με δύο μεγάλους βράχους στα δύο άκρα της εισόδου του, στη μπούκα του οποίου υπάρχει ένας μικρός εποχικός υγρότοπος, ένα από τα πρώτα σημεία ξεκούρασης για πολλά είδη πουλιών που καταφθάνουν στη χώρα μας από την Αφρική. Η Βόρεια Κάρπαθος και η Σαρία είναι ιδιαίτερα ορεινές περιοχές, με απότομους λόφους να υψώνονται γρήγορα από τη θάλασσα, βαθιές χαράδρες, μεγάλες σάρες, μικρά ρέματα, πευκοδάση και θαμνώνες, ενώ οι ακτές είναι απότομες, βραχώδεις με λίγες όμορφες παραλίες. Ψηλότερες κορυφές είναι ο Προφήτης Ηλίας (719 μ.), το Ορκίλλι (712 μ.), το Στιόι (639 μ.) και η Άρδα (566 μ.) στην Κάρπαθο και το Παχύ Βουνό (631 μ.) στη Σαρία. Γεωλογικά η περιοχή εμφανίζει κατώτερα στρώματα σχιστόλιθων που δίνουν την θέση τους στους ασβεστόλιθους. Η Βόρεια Κάρπαθος, εδώ και αιώνες, είναι κατά πολλές έννοιες, απομονωμένη από το υπόλοιπο νησί, μοιάζοντας πολλές φορές με άλλο νησί, τόσο στην μορφολογία, όσο και στο ταμπεραμέντο των κατοίκων. Η δυσκολία στις μετακινήσεις λόγω του έντονου ανάγλυφου και η φημισμένος παραδοσιακός τρόπος ζωής των κατοίκων είναι οι σημαντικοί παράγοντες για την διατήρηση ενός παρθένου οικοσυστήματος, ένα από τα λίγα που έχουν παραμείνει ανόθευτα στο Αιγαίο πέλαγος.

Κυρίαρχη βλάστηση της περιοχής είναι τα φρύγανα, η μακία και οι θάμνοι ενώ στα ανατολικά απλώνονται πυκνά δάση τραχείας πεύκης που διακόπτονται από ρέματα με πλατάνια, πικροδάφνες και λυγαριές. Άλλα είδη είναι τα θαμνοκυπάρισσα, τα σκίνα, οι κοκκορεβυθιές, οι κουμαριές, οι αγριελιές, τα πουρνάρια, τα αρμυρίκια, οι γκορτσιές και οι χαρουπιές, ενώ χαρακτηριστικοί θάμνοι είναι η λαδανιά, η αστοίβη, η αφάνα, η λεβάντα και το θυμάρι. Συνολικά σε ολόκληρο το νησί έχουν καταγραφεί 923 είδη φυτών από τα οποία 66 είναι ενδημικά της Ελλάδας, 28 είναι ενδημικά της Κρήτης, 11 είναι ενδημικά του συμπλέγματος Κάσου-Καρπάθου και 9 είναι ενδημικά της Καρπάθου-Σαρίας. Η περιοχή αποτελεί έναν βοτανικό παράδεισο. Σημαντικότερα είδη που συναντάει κανείς είναι οι σιληνές Silene ammophila subsp carpathae και Silene insularis, οι καμπανούλες Campanula carpatha και Campanula pinatzii, το αγριογαρύφαλλο Dianthus fruticosus subsp carpathus, το Erysimum candicum subsp carpathum, το Hypericum cuisinii, η Genista fasselata, η Cuscuta rausii, ο Pterocephalus brevis, ο Phlomis pichleri, τα αμάραντα Limonium carpathum, Limonium amopicum και Limonium vanandense, η παιώνια Paeonia clusii subsp clusii, το αγριόσκορδο Allium brachyspathum και το Teucrium montbretii subsp heliotropiifolium. Άλλα σημαντικά φυτά της περιοχής είναι η Lithodora hispidula subsp hispidula, ο Astragalus austroaegaeus, η Isatis lusitanica, η Anthemis macrotis, η Anthemis pseudocotula, η κενταύρια Centaurea aegialophila, η Galatella cretica, η Lutzia cretica, το Symphytum creticum, το Filago aegaea subsp aegaea, η Crepis tybakiensis, το Pisum fulvum, το Trifolium praetermissum, το Trifolium rechingeri, το αμάραντο Limonium frederici, το Caroxylon carpathum, τα αγριόσκορδα Allium bourgeaui subsp bourgeaui και Allium tardans, το Seseli crithmifolium, το Arum creticum, η Aristolochia cretica, ο Ranunculus subhomophyllus, το Galium canum subsp ovatum, η Lomelosia variifolia, η Arenaria fragillima, η Hippocrepis cyclocarpa, ο Phlomis floccosa, ο Stachys mucronata, το Teucrium gracile, το Linum decumbens και το Plantago squarrosa. Η χλωρίδα συμπληρώνεται με είδη, όπως η Crepis pusilla, το Helichrysum orientale, η Jacobaea gnaphalioides, το κολχικό Colchicum pusillum, το Linum arboreum, η Asperula tournefortii, το Ophioglossum lusitanicum, το Allium rubrovittatum, το Eryngium glomeratum, η ίριδα Iris unguicularis subsp cretensis, η Anthemis ammanthus subsp ammanthus, η Anthemis scopulorum, η Arenaria aegaea, η Achillea cretica, η Carlina tragacanthifolia, η Inula verbascifolia subsp heterolepis, η Cymbalaria microcalyx subsp dodecanesi, το Medicago heyniana, η καμπανούλα Campanula delicatula, η Rosularia serrata, ο κρόκος Crocus tournefortii, η Fumana laevipes, το Ferulago humilis, η Staehelina fruticosa, το Sedum creticum, οι σιληνές Silene fruticosa και Silene holzmannii, η Aristolochia parvifolia, το Arum concinnatum, η Anemone hortensis subsp heldreichii, η Oenanthe pimpinelloides subsp pimpinelloides, η Paronychia argentea, ο Asparagus horridus, η Reichardia intermedia, η Cynara cornigera και ο Tragopogon longirostris. Από τις ορχιδέες στην περιοχή απαντώνται η Anacamptis coriophora subsp  fragrans, η Anacamptis pyramidalis, η Anacamptis sancta, το Limodorum abortivum, η Neotinea maculata, η Orchis anatolica, η Orchis anthropophora, η Orchis italica, η Orchis provincialis, η Serapias orientalis, η Ophrys apifera, η Ophrys aegaea, η Ophrys bombyliflora, η Ophrys ariadnae, η Ophrys ferrum-equinum, η Ophrys iricolor, η Ophrys omegaifera, η Ophrys heldreichii, η Ophrys rhodia, η Ophrys basilissa, η Ophrys episcopalis, η Ophrys helios και η Ophrys leochroma.

Σημαντική είναι η περιοχή για την ορνιθοπανίδα καθώς βρίσκεται ακριβώς πάνω στην μεταναστευτική οδό του ανατολικού Αιγαίου. Στην περιοχή ζούνε 43 είδη πουλιών. Εδώ φωλιάζουν σπάνια αρπακτικά όπως ο σπιζαετός, ο μαυροπετρίτης, ο πετρίτης και η αετογερακίνα, ενώ άλλα αρπακτικά της περιοχής είναι το βραχοκιρκίνεζο, η γερακίνα, η τυτώ και η κουκουβάγια. Στα φρύγανα απαντάται ακόμα η νησιώτικη πέρδικα, συχνή είναι η παρουσία του κόρακα στα βουνά και της κοκκινοκαλιακούδας στη Σαρία, ενώ στον μικρό υγρότοπο του Τριστόμου σταθμεύουν διάφορα παρυδάτια. Σημαντική είναι η περιοχή για τα θαλασσοπούλια, όπως ο σπάνιος αιγαιόγλαρος, ο θαλασσοκόρακας, το χειμωνογλάρονο, ο αρτέμης και ο μύχος. Άλλα πουλιά της περιοχής είναι το αγριοπερίστερο, το τρυγόνι, το γιδοβύζι, η βουνοσταχτάρα, ο τσαλαπετεινός, ο κορυδαλλός, το βραχοχελίδονο, η δεντροκελάδα, η λιβαδοκελάδα, ο σπάνιος αμμοπετρόκλης, ο σταχτοπετρόκλης, η ασπροκωλίνα, ο μαυρολαίμης, ο γαλαζοκότσυφας, ο αιγαιοτσιροβάκος, ο μαυροτσιροβάκος, ο κοκκινοτσιροβάκος, ο αετομάχος, ο κοκκινοκεφαλάς, η καρδερίνα, ο φλώρος και το φανέτο.

Η περιοχή κατέχει ξεχωριστή θέση σε παγκόσμιο επίπεδο εξαιτίας δύο ενδημικών αμφίβιων που απαντώνται αποκλειστικά εδώ. Η κοχυλίνα (Lyciasalamandra helverseni) είναι μια πανέμορφη σαλαμάνδρα που ζει στη Βόρεια Κάρπαθο και ο βάτραχος της Καρπάθου (Pelophylax cerigensis) είναι ένας μικρός βάτραχος των ρεμάτων. Και τα δύο είδη βρίσκονται στο Κόκκινο Βιβλίο των Απειλούμενων Σπονδυλόζωων της Ελλάδας και προστατεύονται αυστηρά με διεθνείς νόμους. Η ερπετοπανίδα είναι μάλλον φτωχή αλλά ενδιαφέρουσα. Περιλαμβάνει τον ενδημικό κυρτοδάκτυλο του υποείδους oertzeni, το υποείδος του αβλέφαρου Ablepharus kitaibelii subsp fabichi, το λιακόνι, το σαμιαμίδι, τον οφίσωπα, τον μαύρο εφιό, το θαμνόφιδο, το αγιόφιδο και το νερόφιδο, ενώ συχνή στις θάλασσες είναι η παρουσία της χελώνας καρέτα. Από τα θηλαστικά στην Κάρπαθο υπάρχει μία αδιαφιλονίκητη πρωταγωνίστρια, η μεσογειακή φώκια. Το ανάγλυφο της περιοχής είναι γεμάτο από υποθαλάσσιες σπηλιές και, χωρίς να λείπουν οι ανθρωπογενείς πιέσεις, εδώ ζει ακόμα ένας από τους πιο ακμαίους πληθυσμούς στον κόσμο αυτού του υπέροχου ζώου. Άλλα θηλαστικά είναι ο σκαντζόχοιρος, ο λαγός, το κουνέλι, η χωραφομυγαλίδα (Crocidura leucodon) και δύο είδη νυχτερίδων, η μικρομυωτίδα (Myotis blythii) και η βουνονυχτερίδα (Hypsugo savii).

Στη θαλάσσια περιοχή, γύρω από τη Βόρεια Κάρπαθο και τη Σαρία, ξεχωριστή σημασία έχει η παρουσία των υποθαλάσσιων λιβαδιών της Ποσειδωνίας (Posidonia oceanica) αλλά και οι μεγάλοι αριθμοί από πίνες (Pinna nobilis). Μέχρι πριν από λίγα χρόνια εδώ ζούσανε αστακοί στα 5 μέτρα, αλλά πλέον έχουν λιγοστέψει πολύ. Στις περιοχές που οι γκρεμοί της ξηράς πέφτουν στην θάλασσα τα βάθη κατεβαίνουν απότομα φτάνοντας, σε λίγη απόσταση από τις ακτές, μερικές εκατοντάδες μέτρα. Σε αυτά τα βάθη ζούνε ακόμα σε καλούς αριθμούς οι γκρίζοι καρχαρίες (Hexanchus griseus), ενώ στα ανοιχτά συχνή είναι η παρουσία από ρινοδέλφινα, ζωνοδέλφινα, σταχτοδέλφινα αλλά και οι μεγαλόπρεποι φυσητήρες.

Περισσότερες πληροφορίες στην ιστοσελίδα του Φορέα Διαχείρισης: http://www.fdkarpathos.gr